На Констанцском соборе 1417 г. Герсон говорил, что члены секты флагеллантов доходили до отрицания таинства исповеди и покаяния, так как они восхваляли особую форму сердечного сокрушения, считая ее не только выше той формы покаяния, которая предписывается Церковью, но даже и мученичества, говоря, что они сами проливают свою кровь, а кровь мучеников была пролита другими. Эти идеи были близки к ереси. Когда булла, осуждавшая флагеллантов, была получена немецкими прелатами, то они решили строго применить папские предписания. Священники объявляли флагеллантов нечестивой сектой, осужденной Святым Престолом. Тем, кто смиренно вернется к вере Церкви, обещали прощение, а тем, кто будет упорствовать, грозили строгим применением канонов. Многие из этих еретиков были казнены или подверглись различным пыткам, многие были заключены в тюрьмы. На провинциальном соборе кельнский архиепископ отлучил от Церкви всех духовных, присоединившихся к флагеллантам. Весной 1353 г. этот прелат приказал всем деканам и ректорам собрать капитулы, прочесть его указ и принять меры к публичному и поименному отлучению от Церкви всех, кто не подчинится, виновные должны быть отрешены от должности. Лихорадка бичевания рассматривалась Церковью как настоящая ересь. К толпам флагеллантов, с момента первого их появления, во многих местностях приходили еретики, считавшиеся лоллардами, бегардами и келлитами. Охваченные общим преследованием, все они оказывали друг другу поддержку.
Около конца 1352 г., став папой, Иннокентий VI попытался ввести в Германии папскую инквизицию; с этой целью в июне 1353 г. он подтвердил инквизиторский мандат Иоганна Шанделанда и просил всех немецких прелатов оказывать ему действительную помощь. Вредное безумие бегардов, говорил он, снова проявилось, и нужно принять серьезные меры против этого зла; так как инквизиция не имела в епархиях своих тюрем, то прелатам было предложено предоставить в полное распоряжение святого трибунала епископские тюрьмы. Хроника сообщает, что Иоганн отличался энергией и имел успех. Однако ничто не свидетельствует о его содействии осуждению на костер бегардского ересиарха Бертольда фон Рорбака в 1356 г. Неуспех, который встретила попытка Иннокентия ввести свою инквизицию, сказывается в решении, принятом архиепископом на весеннем синоде в Кельне в 1357 г. Отмечая рост секты бегардов, грозящей заразить весь город и всю епархию, прелат совершенно не упоминает ни о папской инквизиции, ни о канонах. Он упоминает о мерах, принятых его предшественниками, и, согласно с ними, приказывает всем приходским священникам выступить против еретиков, грозя им, что в случае небрежности они сами будут преследуемы; он также грозит отлучением от Церкви всем, кто милостыней поддерживает существование бегардов.
Попытка введения папской инквизиции была возобновлена. В 1366 г. доминиканец Генрих Агро имел полномочие инквизитора на Майнцскую провинцию и епархию Бамберга и Базеля. Он вел деятельное расследование в Страсбургской епархии; но епископ не позволил ему действовать самостоятельно и придал ему своего викария, не только как епископского представителя для вынесения окончательного приговора, но и как настоящего помощника инквизитора. Жертвой инквизиторов была одна бегинка, которую судили около пятидесяти лет перед этим епископским судом и которая отреклась от ереси. Как еретичка-рецидивистка, она была сожжена.
В 1367 г. Урбан V назначил инквизиторами в Германию двух доминиканцев, уполномочив их выбрать себе викарных. Единственными еретиками, против которых им поручалось действовать, были бегарды. Прелатам и магистратам было приказано оказывать деятельную помощь инквизиторам и предоставить в их распоряжение все тюрьмы, пока германская инквизиция не будет иметь своих собственных. Уже в 1368 г. инквизицией был сожжен в Эрфурте один бегард.