Карьера, сделанная одним из преследователей Иоганна, Шпренгером, показывает, что рвение инквизиторов прилагалось к уничтожению колдунов. Колдовство сделалось самой грозной ересью в конце XV в., и на остальные религиозные заблуждения не обращали особого внимания. В статутах, выработанных в 1491 г. бамбергским синодом, глава, посвященная ереси, останавливаясь на мельчайших подробностях колдовства и чародейства, упоминает только об одном отступлении от учения Церкви – утверждении, что таинства, совершенные нечистыми руками, недействительны. Приказывая считать виновным в соучастии всякого, кто не выдаст еретика, синод даже не упоминает об инквизиции. Но инквизиторы продолжали действовать, как это видно из попытки преследования Иоганна Рейхлина. Как глава гуманистов и главный представитель новой школы в Германии, Рейхлин принял участие в споре с доминиканцами, которые, будучи ярыми томистами, готовы были до смерти защищать схоластику. Когда Рейхлин выступил на защиту евреев и их литературы против нападок ренегата Пфефферкорна, то тотчас же ухватились за представившийся случай, чтобы избавиться от него. В 1513 г. доминиканский инквизитор, приор Иаков фон Гохштратен, прибыл из Кельна в Майнц с намерениями осудить Рейхлина как еретика. Последний обратился с жалобой в Рим к папе Льву X, человеку просвещенному и гуманисту. Лев благосклонно принял жалобу и поручил шпейерскому епископу решить вопрос. Это был страшный удар инквизиционному могуществу. С Рейхлина было снято всякое подозрение в ереси, преследование было признано неосновательным, и издержки по делу были возложены на Гохштратена под угрозой отлучения его от Церкви в случае неповиновения. Этот приговор был утвержден Римом в 1515 г.; папа под страхом штрафа в три тысячи марок наложил молчание на обвинителей Рейхлина. Гуманисты торжествовали победу. Ульрих фон Гуттен опубликовал под псевдонимом Елевферия Бицена памфлет: он выставляет Гохштратена разбойником, который, в качестве обвинителя и судьи, преследует невинных. О доминиканцах Ульрих говорит, что они хуже турок. У позорного столба оказались доминиканский орден и все, что он представлял. Доминиканцы Кельнского университета открыто заявили, что они, если только папа не отменит своего решения, будут жаловаться первому же собору, откажутся подчиниться папскому решению, объявят, что Лев X больше не папа, и вызовут раскол. Лев X смирился и в 1516 г. отменил приговор. Между тем лютеранское движение становилось все более и более грозным; с каждым днем чувствовалась настоятельнее нужда в поддержке доминиканцев, и в 1520 г. Лев окончил все. дело, отменив решение шпейерского епископа, наложил на Рейхлина молчанье и возложил на него все убытки. Мало того, Гохштратен был восстановлен в своих обязанностях. Но было уже слишком поздно, чтобы эти запоздалые поправки могли принести какую-нибудь пользу инквизиции, в услугах которой Церковь нуждалась теперь более чем когда-либо прежде. Когда 31 октября 1517 г. Лютер прибил к церковным дверям в Виттенберге свои тезисы относительно индульгенций, то инквизитор вроде Бернара Ги сумел бы заставить его замолчать или принудить к публичному отречению, которое уничтожило бы его влияние, или отправил его на костер, если бы он отказался смириться. Но инквизиция никогда не пускала глубоких корней на германской почве; а в начале XVI в. у Гохштратена были связаны руки; инквизитор Баварии и Франконии доктор Иоганн Экк был сам гуманистом, способным спорить и грозить, но не действовать; инквизитор Северной Германии Тецель сознавал свое бессилие и ограничивался только тем, что нападал на смелого новатора, поносил его и называл архиеретиком, дерзким и мятежным схизматиком.
В Германии не было национальной Церкви; духовенство было подчинено Риму, и это подчинение с каждым днем становилось все более тяжелым благодаря финансовым условиям; но не было ничего, что могло бы занять место инквизиции. Известная свобода слова стала обычным явлением, и на нее смотрели с некоторою терпимостью, если только не страдали от этого доходы св. Петра. Подобное положение дела, объясняет, возможно, тот факт, что значение восстания Лютера было лучше понято в Риме, чем на месте. Когда генеральный аудитор папской канцелярии объявил Лютера официально еретиком, то легат в Германии, кардинал Каэтано, написал в Рим, что сумеет сам окончить дело, что нечего представлять папе этот ничтожный вопрос. Легат не исполнил данного ему приказания арестовать Лютера. Через год Лев X отправил Каэтано новое послание с приказанием вызвать доктора Мартина и после тщательного допроса или оправдать его, или осудить. Раньше, чем Каэтано получил эти новые предписания, Лютер явился к нему согласно прежнему вызову; но, объявив себя во всем покорным сыном Церкви, он проявил грозную независимость и остался безнаказанным. Легат, если бы и захотел прибегнуть к силе, то не имел бы никакой возможности нарушить указы аугсбургских магистратов о покровительстве Лютеру. Преследование было парализовано, и неизбежная Реформация пошла своим путем.