Церковь тщетно пыталась уничтожить сочинения Арнольда. В 1305 г. инквизитор Валенсии отлучил от Церкви и выгнал служителя короля, виновного в том, что он имел эти сочинения и распространял их. Король потребовал от инквизитора объяснений причин, вызвавших эту меру; а так как инквизитор отказался дать какое-либо объяснение, то Иаков написал гневное письмо генералу доминиканцев Эмерику. Король писал, что сочинения Арнольда жадно читают королевская семья, архиепископы, епископы, духовенство и миряне. Он требовал отмены приговора; в противном случае грозил строго наказать инквизитора и предупреждал, что его недовольство тяжело отразится на всех доминиканцах в его владениях. Это расположение короля снова спасло Арнольда от костра, его только объявили некромантом и чародеем, еретиком и папой еретиков.
Во время преследования спиритуалов в Провансе Арнольд добился от графа Прованса, чтобы тот попросил генерала ордена смягчить преследование. В 1309 г. Арнольд был послан в Авиньон с поручением Иакова II Арагонского; его хорошо принял Климент V, высоко ценивший его как врача. Арнольд убедил тайно папу вызвать вождей спиритуалов, чтобы узнать от них, устно или письменно, что было предметом их жалоб и какие реформы хотели бы они для своего ордена. В октябре 1309 г. Арнольд перед папой и кардиналами предсказал конец мира в течение XIV в., и что Антихрист появится в первые сорок лет. Он принял во внимание нравственное падение духовенства и мирян и преследование, которому подвергаются люди, желающие жить в евангельской нищете. Кардинал де Порто и доминиканский провинциал Арагона советовали королю Арагона не отправлять посланником еретика Арнольда. Король Сицилии Фридрих предложил убежище своему бывшему советнику, а немного позднее снова послал его с поручениями в Авиньон. Арнольд умер в дороге зимой 1311 г.
Вмешательство Арнольда дало спиритуалам надежду на освобождение от преследования. Арнольд убеждал Климента прекратить раскол в ордене и запретить обвинения, возводимые конвентуалами на своих собратьев. Тем временем граждане Нарбонны подали папе жалобу, в которой утверждали, что книги Оливи были осуждены неправильно, что устав ордена в пренебрежении и людей, соблюдающих его, преследуют. Знаменитых спиритуалов — бывшего генерала Раймунда Гофриди, духовного вождя секты Убертино да Казале, бывшего провинциала Арагона и некоторых других вызвали в Авиньон и предложили составить список тех пунктов, в которых, по их мнению, необходима реформа ордена. Чтобы дать им возможность спокойно и безопасно вести эту работу, папа взял их под свое покровительство и защиту. Генерал Гонзальво принял в 1310 г. на капитуле в Падуе несколько постановлений, ограничивавших роскошь и злоупотребления, распространенные во всем ордене; но этот же генерал решил заставить спиритуалов повиноваться, так что вражда между двумя партиями еще более обострилась.
Тридцать пять статей, представленных спиритуалами Клименту V по его приказанию, были обвинительным актом против падения и испорченности ордена. Конвентуалы отрицали истинность этих обвинений и старались доказать, что устав. не имел смысла, приписываемого ему спиртуалами, и обвинили своих противников в ереси. Климент поручил комиссии из кардиналов и богословов выслушать обе партии. Два года шел горячий спор. Во время этих дебатов умерли Раймунд Гофриди и еще двое видных спиритуалов. Климент объявил делегатов спиритуалов не подсудными их противникам, которые 1 марта 1311 г. подали формальный протест против этой меры, ссылаясь на то, что спиритуалы были отлученными от Церкви еретиками и поэтому не имели права на покровительство.
Спиритуалам не удалось получить указ об отделении их ордена; но в других отношениях решение комиссаров было вполне им благоприятно, хотя конвентуалы и старались заставить забыть настоящий предмет тяжбы, обращая внимание на мнимые заблуждения Оливи. Климент приказал обеим партиям жить во взаимной любви и дружбе, предать прошлое забвению, перестать оскорблять и обвинять в ереси друг друга за бывшие разногласия во взглядах. Убертино ответил на это: «Святой отец, эти люди называют нас еретиками и зачинщиками ереси; в нашем архиве и в архиве ордена имеются целые книги, полные этих упреков. Нужно, чтобы они доказали эти обвинения и чтобы нам была предоставлена возможность защищаться, или пусть они отрекутся от них. Иначе между ними и нами не может быть мира». На это Климент возразил: «Мы, как папа, объявляем, что после того, что было сказано перед нами той и другой стороной, никто не должен называть вас еретиками или зачинщиками ереси. Если в архивах или еще где-либо существует по этому делу какой-либо документ, то мы уничтожаем его и объявляем, что он не имеет никакого значения против вас».