В Папской области приказания буллы 22 ноября 1307 г. были исполнены буквально; все члены ордена были арестованы и у них вырвали признания. Когда была послана в Париж папская комиссия, чтобы дать ордену время подготовиться к защите на Вьеннском соборе, то послали и в другие места подобные комиссии, наделенные инквизиторскими полномочиями. Епископ Сутри и магистр Сабелло, получили инквизиторские полномочия на всю Папскую область. В октябре 1309 г. инквизиторы начали свои работы в Риме. Их энергичное расследование в течение девяти месяцев по всей Папской области кончилось открытием восьми тамплиеров и семи свидетелей, показавших против ордена. В других местах полуострова булла Климента 1307 г., приказывавшая архиепископам начать расследование, исполнялась не особенно строго.
Первой мерой был приказ подесте Казале 1308 г. инквизитора Ломбардии о выдаче трех тамплиеров. В 1309 г. архиепископ Пизы был назначен папским нунцием с полномочием вести дело в Тоскане, Ломбардии, Далмации и Истрии. Он и епископы нашли и допросили трех тамплиеров и девятнадцать свидетелей. По всей Италии были разосланы папские грамоты, в которых инквизиторам вменялось в обязанность разыскивать имущества тамплиеров; архиепископы Равенны и Пизы были назначены администраторами этих имуществ, которые были сданы в аренду и доходы с которых должны были поступить Клименту. 19 июня 1311 г. перед провинциальным собором в Равенне предстало семь тамплиеров. Собор предложил им принести присягу, допросил их относительно всех обвинений, перечисленных папою, и получил единодушное отрицание вины. Тогда спросили собор, следует ли подвергнуть обвиняемых пытке; ответ, несмотря на протесты двух доминиканцев, был отрицательный. Собор единогласно постановил простить невиновных и наказать виновных; к числу невиновных он отнес тех, которые, сознавшись под страхом пытки, отреклись потом от своих признаний, а также тех, которые отреклись бы от своих слов, если бы могли не бояться нового применения пытки. Собор был за то, чтобы пощадить орден в целом, если невиновные окажутся в нем в большинстве, а виновные будут вынуждены отречься и понести наказание в самом ордене. Кроме семи рыцарей, среди обвиняемых было еще пять братьев; им приказали оправдаться 1 августа присягой семи соприсяжников в присутствии болонского епископа; всем подсудимым удалось это сделать. Однако Климент приказал отправить рецидивистов на костер. Собор, назначая делегатов на Вьеннский собор, велел им стоять против уничтожения ордена, если не будет установлена его общая испорченность. Для Тосканы и Ломбардии Климент дал особое полномочие инквизиторов архиепископу Пизы, епископу Флоренции и канонику Вероны. Им было приказано начать розыски как относительно отдельных братьев, так в относительно всего ордена. Они собрали во Флоренции собор в сентябре и октябре 1311 г. Они широко применяли пытку и собрали свидетельские показания, благоприятные обвинению. Венеция отсрочила неизбежное уничтожение ордена, и там не произошло никаких бесполезных жестокостей.
Кипр был главной квартирой ордена; здесь находилась резиденция маршала, главы тамплиеров в отсутствие гроссмейстера. Здесь также собирался Конвент, или решающее собрание. Папская булла, в которой приказывалось арестовать тамплиеров, была получена на острове только в мае 1308 г. Регент Амори Тирский повиновался предписаниям из Рима, имущество тамплиеров было секвестровано, сами они были арестованы на честное слово; в таинствах им отказано не было. Подобное положение продолжалось два года; затем в апреле 1310 г. аббату из Алэ и старшему священнику из Риети в качестве папских инквизиторов было поручено начать расследование относительно отдельных братьев и всего ордена вообще при помощи епископов Лимиссо и Фамагусты. Следствие началось 1 мая и тянулось до 15 июня. Все тамплиеры острова — семьдесят пять человек и пятьдесят шесть других свидетелей были надлежащим образом допрошены по всем многочисленным пунктам обвинения, единодушно отрицали виновность, утверждали чистоту ордена. Пытка не была применена. Их невиновность подтверждали посторонние свидетели; хотя многие из них были политическими врагами обвиняемых, тем не менее все они решительно показали в пользу ордена. По словам некоторых из этих свидетелей, на Кипре, где тамплиеров знали лучше, чем где-либо в другом месте, к ним чувствовали симпатию не только друзья, но и враги; никто не поставил в вину ордену никакого преступления. В августе 1311 г. Климент приказал подвергнуть кипрских тамплиеров пытке и получить от них нужные признания.