Единственной работой, доставлявшей ему неприятности, был трактат «О бессмертии», составленный в 1516 г. В этом трактате Помпонацио отвергает аверроистическую теорию об общем (универсальном) разуме, но, приведя разные доказательства за и против бессмертия с ясной склонностью в сторону отрицания, он заключает заявлением, что эта задача «нейтральна», как и вопрос о вечности земли; нет естественных оснований, доказывающих, что душа бессмертна или смертна, но Бог и Священное Писание подтверждают ее бессмертие, поэтому нужно считать ложными основания, доказывающие ее смертность. Он старается ясно дать понять, что вопрос о бессмертии принадлежит скорее вере, чем разуму; он приписывает обманам совратившихся священников народное верование в блуждающие души и в привидения. В Венеции патриарх публично сжег это сочинение и безуспешно добивался осуждения автора. Однако папские сановники объявили трактат вполне согласным с верой.
Падуанский профессор Августин Нифо выступил в 1492 г. в своем трактате «О разуме и дьявольщине» с защитой теории Аверроеса о единстве разума, утверждая, что единая мысль наполняет всю вселенную и по своей воле видоизменяет все вещи. Он имел неприятность со стороны доминиканцев. Ученый епископ Падуи не спас его, но заставил изменить свое учение. Он сделался признанным толкователем Аверроеса во всей Италии, и его умеренный аверроизм преподавался в Падуе в течение всего столетия. Церковь не допускала никакого разномыслия, однако она проявляла исключительную терпимость в отношении воззрений тогдашнего гуманизма. Она допускала, чтобы распространение аверроизма, возродившегося языческого эллинизма почти нигде не встречало препятствий. Иногда какой-нибудь ревностный доминиканец сжигал одну или две смелых книги; но автор легко находил себе покровителей в высших сферах Церкви.
Но за два века до этого, в конце XII — начале XIII вв., у Аверроеса было немало и противников, наиболее известным и авторитетным из них являлся Раймунд Люллий. Совершенно обоснованно в XIX в. о нем было сказано: «Раймунд Люллий является личностью весьма загадочной. Одни делают из него святого, другие еретика; в глазах одних это — ученый человек, в глазах других невежда; одни считают его вдохновленным, другие — галлюцинатом; одни приписывают ему умение превращать металлы, другие отрицают это; наконец, одни восхваляют его Великое искусство, другие хулят».
Этот исключительный человек родился 25 января 1235 г. в столице Майорки Пальме. Происходя из знатного рода, он был воспитан при королевском дворе, где получил должность сенешаля. Он был женат и имел детей, но вел веселую и развратную жизнь, пока не был внезапно обращен испытанием, показавшим ему суету человеческого существования. Он отказался от мира и, обеспечив свою семью, раздал остальное имущество нищим и вступил в орден францисканцев. С этого времени он посвятил свою жизнь освобождению Гроба Господня, обращению евреев и сарацин и разработке учения, которое рационалистически показало бы истинность христианской веры и разрушило бы, таким образом, аверроизм, который он считал самым опасным врагом христианства.
В 1275 г. он удалился на гору Ранда близ Пальмы, где окончил свое «Великое искусство», непобедимое оружие защиты веры. Выйдя из своего уединения, Люллий в течение сорока лет вел бродячий образ жизни, издавал с невероятной плодовитостью том за томом; спорил и проповедовал против аверроизма в Монпелье, Париже и в других местах. В 1311 г. на Вьеннском соборе ему удалось добиться указа об основании школ еврейского, арабского и халдейского языков при папском дворе и при университетах Парижа, Оксфорда, Болоньи и Саламанки. В августе 1314 г. он отправился в Буджию (Северная Африка), чтобы обращать мавров в христианство. Там его бросили в тюрьму; но и в тюрьме он продолжал проповедовать Евангелие своим товарищам по заключению; мавры 30 июня 1315 г. побили его камнями. Генуэзские купцы подобрали его тело и доставили в Пальму.