Первый архитектор правящей четы Венцеслав Кёбергер (1560–1630 или 1632), известный противник Рубенса, действовал еще преимущественно в духе итальянского позднего ренессанса. Его церковь св. Жен в Монтегю, куда ходили на богомолье, построенная между 1607 и 1613 гг. для Альбрехта и Изабеллы, напоминает своим тяжелым куполом с контрфорсами церковь Санта Мария делла Салюте в Венеции.
Первым крупным мастером бельгийско-барочной церковной архитектуры был Жак Франкар (1577–1651), современник и друг великого Рубенса. К сожалению, его первое крупное сооружение, церковь Иезуитов в Брюсселе (1606–1616), сохранилось только на рисунках. Каждый из трех ее нефов, разделенных тосканскими колоннами, заканчивается на востоке полукруглой нишей. Во фламандском духе, хотя и с античными фронтонами, построен высокий верхний этаж среднего выступа, с орнаментами в форме канделябров вместо готических фиалов.
Стиль Франкара в несколько иной форме представляет бывшая церковь августинцев (1620–1642) в Брюсселе, служившая позднее почтамтом. Трехчастный нижний этаж фасада украшен тосканским ордером; воздвигнутый только над более высоким средним нефом верхний этаж — «композитным». Незаметность соединительных волют придает вид самостоятельности верхнему этажу. Двойные пилястры всей лицевой стороны усилены выступающими полуколоннами. Разорванные вверху фронтоны, своеобразные картушные обрамления и свободные отношения делают эту постройку лучшим произведением фламандского раннего барокко. К ней примыкает подобного же стиля Мехельнская «Бегиненкирхе» (1629–1647).
Самая величественная церковь в стиле фламандского раннего барокко — это иезуитская церковь в Антверпене, построенная иезуитами Петером Гуйссенсом и Франсуа Агильоном между 1614 и 1621 гг. Сгоревшая в 1718 г., она была восстановлена по старым проектам. Ее изумительно широкая лицевая сторона, на всем протяжении двухэтажная, внизу тосканская, вверху ионическая, имеет над средним нефом еще третий коринфский этаж, увенчанный неспокойным треугольным фронтоном, и с обеих сторон ограничена отдельными низкими, с высокими куполами, башнями с лестницами. Четырехгранная внизу, восьмисторонняя вверху главная башня за нишей хора, легко и богато расчлененная, увенчана благородным куполом и считается одной из прекраснейших всей эпохи ренессанса и барокко. Внутри тосканские колонны разделяют церковь на три нефа. Над боковыми нефами тянутся эмпоры, отделенные от широкого среднего нефа ионическими колоннами.
Иезуитские церкви подобного же стиля можно указать в Брюгге (ныне Сен Доната) в Люттихе, в Намюре (ныне Сен Лу) и в Иперне.
Особой формой отличается церковь Петра в Генте, перестроенная в 1629 г. упомянутым выше объитальянившимся Гансом ван Ксантеном (Джованни Вазанцио). Она получила квадратную с девятью нишами пристройку на фасаде, в чистых пропорциях, над средним квадратом которого возвышается стройный купол, уравновешенный восточной башней, расположенной позади хора.
Главным мастером бельгийской церковной архитектуры второй половины XVII столетия, снова ставшей массивнее и тяжелее, был любимый ученик Рубенса Лука Федерб (1617–1697), прославленный также как ваятель. Знаменитейшее из его архитектурных сооружений — иезуитская церковь в Лёвене (1650–1666). Тяжелая, массивная, расчлененная пилястрами и стоящими перед ними колоннами, лицевая сторона — ионическая, в более широком нижнем — коринфская, в уходящем в высь, более узком, верхнем этаже, получает нидерландский отпечаток благодаря двум связующим горизонтальным поясам, пересекающим пилястры, колонны и стены. На широких изгибах волют, связующих этажи, стоят разделяющие, наподобие фиалов, канделябры. Трехнефная внутренность расширяется мощным трансептом. Капители украшены венками, висящими между угловыми волютами. Фриз сильно выдвинутого антаблемента убран роскошными картушами. К сожалению, купол над средокрестием остался неоконченным.