Как говорилось выше, самаркандско-сарайский историк Ибн Арабшах (1392—1450) говорит о господстве ханафитской
и шафиитской традиций при ханах Узбеке и Джанибеке. В эпоху Золотой Орды традиции ханафитского мазхаба развивали выдающиеся факихи Саад ад-Дин Масуд б. Умар ат-Тафтазани (1322—1390) и Мухаммад Хафиз ад-Дин б. Мухаммад Шихаб ад-Дин б. Йусуф, известный как Ибн Баззаз (ум. 1424). В городах Золотой Орды действовали медресе.Суфийские братства (тарикаты)
йасавийа и кубравийа приняли самое активное участие в распространении ислама в Улусе Джучи, или Золотой Орде, столичным регионом которой было Нижнее Поволжье. Насколько влиятельны были суфии в государстве Джучидов с самого начала его существования, можно судить по многочисленным источникам. Так, ряд арабских и персидских авторов сообщают, что золотоордынский хан Берке принял ислам под руководством известного шейха тариката кубравийа Сайф ад-Дина аль-Бахарзи (ум. 1260/1261 г.) — ученика Наджм ад-Дина аль-Кубра (1145—1221) — основателя тариката кубравиййа. Анонимное сочинение XV в. Шаджарат аль-атрак («Родословное древо тюрков») утверждает, что хан Узбек, при котором произошло принятие ислама в качестве государственной религии, также перешел в ислам под руководством шейха тариката йасавийа Сайид-ата, или Сейид-ата (ум. 1291/1292 или 1310/1311 г.), который был учеником йасавийского шейха Занги-ата (начало XII в. — 1258). Источники упоминают и других суфийских шейхов при дворе Узбека, в частности Нуман ад-Дина аль-Хорезми. Эти духовные авторитеты имели большое влияние на правителей Золотой Орды.Уже в XIV в. значительное место в социальной структуре Золотой Орды начинают занимать представители двух новых категорий: сеййиды
и ходжи. Сеййиды (от арабск. саййид — «вождь», «господин», «глава», синоним — шариф — «благородный», «знатный») считались потомками четвертого праведного халифа Али и дочери пророка Мухаммада, Фатимы. Как и во всем мусульманском мире, соответственно в созданных монголах государствах, где позже ислам стал официальной религией, т.е. и в Золотой Орде, сеййиды пользовались огромным почетом и уважением, они составляли особую социальную группу, обладавшую рядом привилегий. Часто отождествляясь в сознании мусульман со святыми (аулийа), они занимали почетные места на различных общественных мероприятиях, они могли открыто излагать свои мысли государям, в любой форме, не боясь никакого наказания, они не подлежали смертной казни. Будучи замкнутым сословием, сеййиды дорожили своей генеалогией и очень строго относились к бракам представителей своей группы, стремясь родниться с равными, хотя потомки сеййидов по мужской линии также относились к этой группе. Родниться с сеййидами считали за честь даже потомки Чингисхана. Ходжа (букв. «хозяин», «господин») в Казахстане и Средней Азии было почетным прозванием людей, считавшихся, по одной версии, потомками первых трех праведных халифов, по другой — потомками первых арабских воинов, пришедших на эти территории в VIII в. Ходжи также имели ряд привилегий и были освобождены от телесных наказаний. Позже, в ханствах, образовавшихся после распада Золотой Орды, сеййиды и ходжи заняли очень прочные позиции в структуре общества, соперничая за авторитет с самими Чингисидами. Из этих групп происходили многие ученые, служители религии, государственные чиновники.В отношении подвластных земель Джанибек продолжал проводить политику централизации. Так, он разрешил русским князьям обращаться с тяжбами напрямую к себе, минуя великого князя, которых еще со времени Узбека часто было два (официально, хотя с этого времени многие князья стали добавлять к своему титулу приставку «великий», что в итоге девальвировало понятие великий князь
в целом). Во внутреннюю жизнь различных религий этот хан вмешивался активно. Нуждаясь в средствах для многочисленных войн, в 1342 г. Джанибек первым и единственным из ханов лишил русское духовенство привилегий по освобождению от различных выплат. Мать Джанибека, ханша Тайдула, в 1347 г. дала грамоту сарайскому епископу Иоанну, согласно которой светским правителям запрещалось вмешиваться в церковные судебные дела.Бытует также христианское предание о том, что митрополиту Алексию в 1357 г. удалось вылечить потерявшую зрение Тайдулу, а в знак признательности ей удалось убедить Джанибека не только выдать ему разрешение построить храм в Московском Кремле, где в 1365 г. был основан Чудов монастырь, но, кроме того, она способствовала в дальнейшем закреплению великокняжеского ярлыка за московскими князьями. Известно, что в свите митрополита были двое крещеных татар Илья и Сергей Озаковы, первый из которых выкупил у другого крещеного татарина, Чингисида Серкиза, основанное им с. Черкизово и даже построил там церковь Ильи Пророка, не сохранившуюся до наших дней.