В конце 1920-х гг. многим народам, в том числе мусульманским, была навязана система письменности, основанная на латинице (затем заменена на кириллицу), несмотря на возражения общественных деятелей, выступавших за сохранение исторически сложившихся в этих культурах систем письма (у мусульманских народов — преимущественно, арабица). Для ряда республик, в составе которых было множество этнических групп, был объявлен официальный «литературный» язык, назначенный попросту из какого-либо одного из множества диалектов, равноправно бытовавших в языковой среде этих народов. При этом нередко выбирались диалекты, наиболее далеко отстоящие от других родственных языков, например, для башкирского — говоры челябинских и курганских башкир (не вошедших в БАССР), наиболее далекие от татарского, впрочем, в других случаях ситуация была не лучше. Это повлекло не только начало искусственного отдаления родственных народов, таких как, например, тюркские, но и утрату мусульманской образованности, предполагавшей владение арабицей.
Во второй половине 20-х годов XX в. создаются еще две организации, которые имели своей целью влияние на умы и настроения верующих. В 1927 г. создается «Общество развития и распространения идей кремации в РСФСР». С 1932 г. оно стало называться Всероссийское кремационное общество. Одной из основ, как христианства, так и ислама, является ритуал погребения усопшего в землю. Кремация же предполагала полное уничтожение умершего в огне и превращение его в пепел. В качестве крематориев предлагалось использовать церкви и мечети. Советская власть решала введением кремации сразу две задачи. Первая — не просто закрытие культовых зданий, но и практическое их осквернение через проведение в них кремационных мероприятий. Вторая — наглядный пример нерелигиозного подхода к одной из главных инициаций — концу земной жизни человека. Второй организацией стал возникший 1 июля 1925 г. в городе Теплице (Чехословакия) «Интернационал пролетарских свободомыслящих», который включал и представителей СССР. Его задачей являлось проведение массовой атеистической работы среди молодежи и трудового населения как на Западе, так и на Востоке.
Отношение к религии в СССР изменилось после проведения второго съезда Союза безбожников в 1929 г. 14 февраля 1929 г. по итогам съезда был издан Проект резолюции Политбюро ЦК ВКП (б) за подписью секретаря ЦК Л.М. Кагановича «О работе антирелигиозной комиссии ЦК и циркулярные письма о мерах по усилению антирелигиозной работы». В отношении мусульманских регионов отмечалось, что борьба с религиозным влиянием часто ведется неправильно, указывалось на недопустимость административного запрещения исполнения религиозных обрядов мусульман без серьезной общественной надобности и без необходимой подготовки общественного мнения населения. Запрещалось закрывать мухтасибаты, как единственно легально действующие очаги религиозной жизни. Власти опасались, что после их ликвидации вся религиозная жизнь перейдет на нелегальное положение и бороться с этим будет еще труднее. В документе религиозные организации (подразумеваются, например, мутаваллиаты или церковные приходы) открыто называются «легально действующими контрреволюционными организациями, имеющими влияние на массы».
В этом же документе указывается на то, что протестантские организации являются сектами, а все католики связаны с западными спецслужбами и борются против СССР. Поэтому в отношении них предлагался полный запрет и ликвидация. В этих условиях в середине 30-х годов самораспустился ДУМ Крыма, было уничтожено Башкирское Духовное управление. К началу войны с Германией в СССР на легальном положении, среди официальных религиозных организаций, остались только православный Московский патриархат, Обновленческая (сторонники реформации православной церкви) православная российская церковь (в период 1925—1943 гг. — Поместная российская православная церковь) и мусульманское ЦДУМ. Все остальные религиозные направления и течения были запрещены.
В этот же период издаются два документа, которые регламентировали жизнь верующих в СССР до периода его распада: постановление ВЦИК и СНК РСФСР от 8 апреля 1929 г. и «О религиозных объединениях» от 16 января 1931 г. От этого же дня — инструкция ВЦИК «О порядке проведения в жизнь законодательства о культах». В них выделялось шесть основных положений:
1. Есть два вида религиозных объединений: свыше 20 верующих и менее 20.
2. Обязательная их регистрация в ЦИКах и горсоветах. Для регистрации нужна заявка не менее чем от 20 человек.
3. Верующие берут на себя ответственность за содержание и охрану культового здания, а также оплату налогов.
4. Всякое публичное отправление культа законодательно запрещено за исключением похорон на кладбище и шествий в ограде культового здания в дни больших религиозных праздников. Другие публичные шествия требуют своего согласования.
5. Служители культа рассматриваются законом как наемные лица данного религиозного общества и не входят в состав правления. Район их действия устанавливается при регистрации.