Следует обозначить и еще одну непростую тему в проблематике истории советских мусульман, восприятие которой целиком зависит от ракурса рассмотрения. Начиная с 1941 г. в составе германской армии фиксируется наличие антибольшевистских военных частей, набиравшихся из взятых плен представителей мусульманских народов, призванных в Красную Армию. Отдельные формирования составляли выходцы из различных мусульманских регионов, находившихся в составе Советского Союза: из народов Поволжья — легион «Идель-Урал», из народов Средней Азии — «Туркестанский легион», азербайджанцы сформировали отдельный «Азербайджанский легион», народы Северного Кавказа были объединены в «Северокавказскую дивизию». Однако немецкое командование само опасалось этих частей, поэтому не предпринимало больших усилий для их обучения и снабжения, отправляя их в основном на тыловые охранные работы, борьбу с партизанами и т.д. Кроме того, именно в подобном мусульманском формировании — одном из двух батальонов «Идель-Урал» — произошел переход всего личного состава на сторону партизан. Второй батальон немедленно был расформирован и отправлен обратно в концлагеря. В ходе следственных действий немецкими властями было установлено, что с самого начала в батальонах действовала подпольная организация. Имя одного из ее руководителей — Мусы Джалиля (1906—1944) известно почти всему миру, но при этом почти никто, кроме специалистов, не знает об обстоятельствах его ареста и судьбах десятков и сотен его соратников. Послевоенная советская пропаганда явно передергивала и переоценивала роль этих частей, потому что их участие в боевых действиях, да и сама численность несравнимы с такими, например, частями коллаборационистов, как Российская освободительная армия, украинские дивизии «Галичина» и «Нахтигаль», ОУН — УПА и многие другие воинские части, сформированные из немусульманских национальностей. Что же касается полицейских частей, то там служили представители всех народов, не исключая даже обычно не упоминаемых в этой связи евреев (в Варшавском и других гетто и т.д.)
Во время войны Советского Союза с Германией представители мусульманского населения, как и все, призывались в Красную Армию и участвовали в сражениях. В мае 1942 г. советским правительством было инициировано принятие на совещании улемов при ЦДУМ в Уфе «Обращения ко всем мусульманам Советского Союза», от имени муфтия Габдрахмана Расулева призывавшего к джихаду против немецко-фашистских захватчиков.
Вместе с тем не должно удивлять то, что и среди советских мусульман существовали группы, не обнаружившие понимания необходимости и значимости этой войны, принимая участие в которой чуждый для них большевистский режим руководствовался собственными интересами. Еще не до конца утихли бои с сопротивлением горских (например, восстание Хасана Исраилова в 1940 г.) и басмаческих отрядов, а население устало от репрессий и навязывания ему чуждых культурных стереотипов. Поэтому не должно вызывать удивления то, что ряд активных национальных деятелей благожелательно встречали немецкие войска, наивно полагая, что германские власти выступят в роли защитника от произвола. В целом данный вопрос гораздо сложнее той банальной двухмерной картины, которая была нарисована по итогам войны.
Недальновидная политика большевистских властей только способствовала тому, что симпатии непонятого ими населения были не на их стороне. Необходимо сказать, что и лозунги, выдвигаемые немецкой пропагандой, отнюдь не соответствовали действительным планам германского руководства. Однако, как когда-то большевикам, им удавалось создать привлекательные условия, чтобы склонить к сотрудничеству часть представителей национальных элит.
В условиях неудачно протекавшей войны И.В. Сталин принял решение задействовать все рычаги для мобилизации населения. Мусульмане активно участвовали в сборе средств для фронта и оказания помощи семьям солдат, героически проявляли себя и в рядах Красной Армии. Это не раз получало отражение в благодарственных речах И.В. Сталина.
В октябре 1943 г. на Первом курултае мусульманских улемов, одобренном И.В. Сталиным, от имени мусульманских богословов Казахстана и Средней Азии с призывом бороться с германской агрессией выступил освобожденный из тюрьмы авторитетный богослов Эшон Бабахан (1858—1957). Здесь же было объявлено о создании Духовного управления мусульман Средней Азии и Казахстана (САДУМ) с центром в Ташкенте. Бабахан был выбран муфтием.