Еще в 1812 году епископы Лериды, Барселоны, Памплоны, Теруэля, Тортосы и Урхеля, собравшись на острове Майорка, изготовили манифест, который в резкой форме нападал на кортесы, утверждая, что они задались целью преследовать представителей католического духовенства и организовать в Испании церковь согласно идеалу янсенистов. Манифест шести епископов получил широкое распространение, и народ верил, что кортесы готовят что-то весьма противное религии. Дебаты об отмене инквизиции, принимавшие по временам крайне враждебный инквизиционным трибуналам характер, как бы подтверждали правильность мнения тех, кто называл большинство кортесов злейшими врагами католицизма.
По мере того как приближалась назначенная дата начала публичного чтения эдикта и манифеста, появлялось все больше признаков, что духовенство собирается дать решающее сражение. Инициативу проявил капитул Кадиса, запретивший чтение в подотчетных ему церквах. Местное духовенство заявило, что инквизицию создал папа, и пока он ее не отменит, она должна считаться существующей, несмотря ни на какие постановления светской власти. К Кадису примкнула Севилья, остальные капитулы ограничились моральной поддержкой и заняли выжидательную позицию.
Накануне 7 марта состоялось специальное собрание духовенства, на котором было решено предложить правительству отложить приведение эдикта в исполнение. Вслед за этим папский нунций архиепископ Педро Гравина отправил регентству послание, в котором заявил, что отмена инквизиции светской властью противоречит примату святого престола, а потому регентство должно побудить кортесы отсрочить публикацию эдикта до тех пор, пока отмену инквизиции не одобрит папа. Одновременно Гравина написал епископу Хаэна и капитулам Гранады и Малаги конфиденциальные письма, предложив им примкнуть к кадисскому капитулу и вообще всячески бороться против нечестивых законов, издаваемых кортесами. По-видимому, все это происходило не без предварительного согласия регентства, мало сочувствовавшего деятельности кортесов и находившегося на стороне защитников инквизиции.
Собственно, кортесы давно подозревали регентство в тайных интригах против конституции, и уж точно между исполнительной и законодательной властью не существовало единства. Кортесы недоверчиво воспринимали каждый шаг исполнительной власти, и регентство давало к тому немало оснований — например, оно изо всех сил мешало проведению в жизнь законов в отношении монастырей. Тем не менее кортесы были застигнуты врасплох, когда 6 марта стало известно, что регентство внезапно сменило губернатора Кадиса, который выступал на стороне кортесов, на своего ставленника. Чтение эдикта и манифеста на следующий день не состоялось, а еще через день министр юстиции переправил кортесам полученное регентством заявление капитула Кадиса о невозможности для духовенства подчиниться требованиям эдикта, что, в сущности, означало согласие регентства с этим документом. Оправившиеся от столбняка кортесы истолковали это как начало государственного переворота и потребовали заменить состав регентства, что и случилось, — обнаружив, что народ их не поддерживает, прежние его члены во избежание худшего сами подали в отставку.
В состав нового регентства вошли толедский архиепископ Луис де Бурбон, Педро Агар и Габриэль Сискар. Они потребовали, чтобы эдикт и манифест были на следующий день прочитаны во всех церквах Кадиса и других провинций, свободных от французов, и большинство духовенства, натолкнувшись на их твердую волю, в точности все исполнило. Но регентство не удовлетворилось этим запоздалым повиновением и тщательно расследовало поведение капитула в последние недели. Викарий и три члена капитула были обвинены в участии в изменническом заговоре и отправлены в тюрьму, а их имущество конфисковали. Папскому нунцию Гравине после обмена резкими письмами возвратили верительные грамоты и предложили покинуть Испанию; его имущество также было конфисковано. Гравина выбрал местом жительства Тавиру, небольшой городок на испано-португальской границе, где создал своего рода штаб по борьбе с кортесами.
Были, однако, и такие священники, которые отказывались читать в своих церквах направленные против инквизиции документы. Но энергия правительства, арестовавшего наиболее строптивых из них — в том числе, между прочим, епископа Овьедо, — заставила в конце концов покориться всех. Но победа эта далась реформаторам высокой ценой: с этого времени кортесы и регентство стали олицетворением насилия по отношению к представителям духовенства, которые, в свою очередь, сделались в глазах простых людей мучениками за веру.