Неудивительно, что достаточно скоро поведение Фердинанда вызвало недовольство инквизиционно-клерикальной партии, объединившейся вокруг его брата Дона Карлоса. В 1827 году эти крайние реакционеры попытались поднять знамя восстания, на котором красовались слова: «Да здравствует инквизиция! Долой конституцию! Смерть полиции!», и усмирить их удалось с большим трудом. Показателен случай, происшедший в Коркуэра-и-Касерте. Король потребовал от епископов, чтобы они в церквах призвали народ повиноваться властям, но местный епископ наотрез отказался это сделать, назвав Фердинанда «соучастником врагов Бога» за то, что он не восстановил инквизицию.
Отметим, что все эти годы некоторые инквизиционные трибуналы продолжали в той или иной форме поддерживать свое существование, явно надеясь на возвращение прежнего статуса. В Валенсии, например, трибунал продолжал выносить приговоры, переменив лишь название с инквизиционного на духовный. Причем гражданский суд официально его признавал и направлял ему все дела, кои в прежнее время подлежали юрисдикции инквизиции. На острове Майорке трибунал функционировал даже в 1830 году. Главной его задачей были всевозможные сборы в пользу инквизиции, и члены его именовались не инквизиторами, а казначеями, кассирами и нотариусами.
Это было отражением общей парадоксальной ситуации. Инквизиция возрождена не была, но при этом владела значительным имуществом. Существовала должность генерального смотрителя, чьей заботой было сохранение этого имущества, сбор следуемых инквизиции арендных и иных плат и выдача жалованья служителям трибуналов, не исключая бывших членов Супремы и последнего великого инквизитора Иеронимо Кастельона-и-Саласа, получившего этот пост в 1818 году.
В 1830 году генеральным смотрителем был бывший инквизитор Валентино Сорилья, его помощником в звании фискала состоял Алонсо де Вердехо, также бывший инквизитор. Сохраняемые и приумножаемые ими средства обеспечивали деятельность религиозных судов, отличавшихся от прежних инквизиционных трибуналов лишь тем, что председательствовали в них епископы; прочие же должности занимали бывшие инквизиторы, прибегавшие к тем же формам судопроизводства и следствия, какие были обычны во время расцвета инквизиции.
Об этих судах сохранилось мало сведений. Наиболее громким результатом их деятельности было дело скромного учителя Каэтано Риполя, главная вина которого сводилась к убеждению, что суть религии заключается в изречении «не делай другому того, что не желаешь, чтобы делали тебе». Риполь был арестован 29 сентября 1824 года по обвинению в иудействовании, два года просидел в валенсийской тюрьме и был торжественно сожжен на костре. Эта казнь вызвала взрыв негодования в Европе, увеличивавшегося по мере шумного празднования, устроенного в Испании по этому поводу сторонниками Дона Карлоса, которые требовали, чтобы инквизиция перестала прятать свое лицо под маской религиозных судов и начала действовать открыто. Однако Фердинанд не только не пошел у них на поводу, но и выразил недовольство в связи с незаконным восстановлением инквизиции под иным названием. Мало того, папа Пий VIII тоже высказался о «чрезмерных страданиях» жертв религиозных трибуналов и 5 октября 1829 года постановил, чтобы отныне папскому нунцию могла подаваться апелляция на решения религиозных судов; таким образом, эти суды лишились своей независимости, которую всегда столь трепетно оберегала инквизиция.
Последний шанс для инквизиции возник в 1833 году, когда умер Фердинанд VII, не оставивший детей мужского пола. Сторонники Дона Карлоса рассчитывали, что трон перейдет к нему и что он, которого они уже называли Карлом V, «энергично будет защищать» католическую религию и учредит инквизицию по старому образцу. Но королевой была провозглашена двухлетняя дочь Фердинанда Изабелла, а регентшей при ней ее мать Мария-Кристина. Это разрушило планы карлистов, но они не хотели безропотно отказаться от своих иллюзий и подняли мятеж против «незаконной королевы»; надо признать, что на их стороне был закон 1713 года, коим отменялся старинный кастильский порядок престолонаследия, предоставлявший женщинам право на трон. Мятеж быстро принял грозный характер, и ради его подавления регентше Марии-Кристине пришлось опереться на либеральные элементы общества. Этим и объясняются первые шаги ее правления. Из страны были вновь изгнаны иезуиты и закрыты многие монастыри, и почти одновременно с этим, 15 июля 1834 года, был опубликован эдикт об отмене инквизиции. В нем говорилось:
«1) Трибунал инквизиции объявляется окончательно упраздненным.
2) Все поместья, дома и иное имущество, которыми монаршее благочестие наделило инквизицию или которые были ею приобретены благодаря изданным с целью ей покровительствовать законам, поступают в кассу погашения государственного долга.
3) Доходы со ста одного канониката, причисленного к инквизиции, поступают в ту же кассу...