Установившийся порядок общего равноправия и деятельности общеказачьих собраний имеют различные объяснения; и большинство историков объясняют этот обычай заимствованным у новгородцев, которые в XVI веке в большом количестве влились в казачью среду. Объяснение это связывается непосредственно с теорией происхождения казаков от «беглого люда» и ничего нового не вносит. Общие народные собрания, или вече, были свойственны всем народам во времена несложного государственного устройства. Более продолжительное время эта система держалась в Новгороде и существовала в казачьем быту. С развитием внутренней жизни, с расширением границ система общих собраний должна была отживать и принимать новые формы, более отвечающие новым условиям. Но казаки прочно держались веками сложившейся системы Войсковых Кругов и Рад, общеказачьи собрания служили для них символом их свободы и равноправия. Но система общих собраний была трудно осуществимой уже в XVI веке, – и на Войсковых Кругах донских казаков, собиравшихся в пределах нижнего течения Дона, – в «Раздорах на Дону» отсутствовали казаки «верховых» станиц, и общие вопросы решались без их участия. Общие казачьи собрания, как и собрания новгородцев, происходили часто при бурных спорах, нередко приводивших к вооруженным схваткам, что также вело к неизбежности устройства более устойчивой формы внутреннего управления.
Изменения отношений казаков с Москвой происходили под влиянием различных причин. Во-первых, казачьи поселения на Дону, Тереке и Яике были далеко отодвинутыми от московских границ в сторону кочевников, с которыми они должны были вести постоянные войны. Казаки ощущали недостаток в военных припасах, предметах питания и нуждались в моральной и вооруженной поддержке в борьбе с кочевниками. С расширением границ московских владений территории их сливались, и влияние Москвы становилось более значительным. Казаки, волей или неволей, должны были считаться с положением, делать уступки своей независимости и мириться с неизбежностью подчинению Москве.
Роль казаков в истории России была настолько значительной, что после того как на южных границах московских владений кочевники были или покорены, или исчезли и опасность нападений прекратилась, казаки и казачий внутренний быт уважительно поддерживались российским правительством, а казачьи войска, как военная сила, высоко ценились.
В истории России многие события по политическим и национальным соображениям не получили достаточного и беспристрастного освещения и обойдены наукой или просто преданы забвению. Время татарского ига, длившегося около трехсот лет, по патриотическим соображениям в историю вошло кратким эпизодом, не имевшим существенного влияния на внутренний быт и культуру русского народа. Нет сведений о внутреннем устройстве владений монголов, частью которых являлись русские княжества; организации вооруженных сил этой части, количества русского народа, ее составлявшего, и дальнейшей его участи. Отсутствие сведений о внутреннем устройстве Золотой Орды не могло дать и правильного представления о всей важной для русского народа эпохе, а вместе с тем и происхождения казачества. Отсутствие сведений или умалчивание их со стороны историков привело к ложной теории происхождения казаков, не подтверждающейся никакими хрониками.
Историки умалчивали о том, что в московских хрониках имелись сведения о существовании казаков в составе войск Золотой Орды, об участии их в составе московских войск князей-предшественников царя Ивана Грозного (время распада Золотой Орды) и о непрекращавшейся их связи с московскими князьями на протяжении всего времени вплоть до царствования Ивана Грозного, со времени которого начинается история казаков, основанная на актах Московского Государства.
Для замалчивания многих исторических событий были причины и социального характера. Русь, выходя из-под власти монголов, находилась в состоянии раздробленности: большая часть ее земель была в составе польских и литовских владений. Перед московскими князьями стояла одна из трудных задач – объединение земель. Задача эта требовала твердой власти, способной направлять все силы страны к одной цели. Московские князья не имели еще достаточного авторитета – удельная система была еще сильна. Для объединения земель необходимы были два фактора: твердая власть великого князя и централизованная система управления страной. Эти два фактора и служили основой в процессе объединения отторженных земель.
Включая в состав своих владений не только части «коренных» русских земель, но и независимые земли, московская власть подчиняла их не только политически, но применяла все средства для того, чтобы изгладить из сознания их прошлое. В целях образования твердой центральной власти и поднятия авторитета великого князя историками приписывалась ему роль главной организующей государственной силы, в том числе и образования казачьих поселений.