Низовые казаки, вытесненные из Азова и Таврии, тоже укреплялись на занятых ими землях и, чтобы обеспечить свое существование, вели войну против Крымского ханства и Турции, гарнизонами которой был занят Азов, откуда велось военное руководство и организация походов против московских владений и казачьих городков; опасным соседом для казаков были и части Малой ногайской орды, кочевавшие в пределах Северного Кавказа, между Азовским и Каспийским морями.
В первой половине XVI века «верховые» и «низовые» казаки не были объединены под властью одного атамана и имели каждая своего. Препятствием объединению в то время были их ближайшие цели по укреплению своих земель, требовавшие усилий в разных направлениях. Военные усилия «верховых» казаков направлялись в сторону низовьев Волги, против Астрахани и Большой ногайской орды; «низовое» – главные усилия направляло в сторону Азова и Крыма, где находилась для них главная угроза, и, кроме того, казаки не покидали надежды занять покинутый ими свой прежний культурный центр – Азов, превращенный теперь в турецкую крепость.
Связь казаков с Москвой не прерывалась. Они в церковном отношении подчинялись епископу сарско-подонскому, перенесшему свою кафедру в Москву, откуда они получали все церковные книги и где назначалось для их церквей духовенство. Москва, с своей стороны, нуждалась в помощи казаков и поддерживала с ними сношения. Кроме того, Москву связывали с казачьими поселениями общие цели – борьба с азиатскими ордами и защита от их нападений. Задачей казаков было защитить и отстоять занимаемые ими земли от нападений окружающих их орд, задача Москвы состояла в том, чтобы обеспечить границы своих владений от тех же азиатских орд. Казаки нуждались в материальной помощи Москвы, Москва – в военной помощи казаков. Эти общие цели служили той связью, которая ни при каких обстоятельствах между Москвой и донскими казаками не прерывалась. Общая цель – борьба с азиатскими ордами – велась различно. Казаки вели активную борьбу против Крыма и Астрахани, все время нападая на противника, – Москва вела против них войну оборонительного характера. Исключение составила только Казань. Безопасности границ Москва старалась достигнуть путем мирных переговоров. Выходя на путь самостоятельного государства, Москва устанавливала дипломатические связи с соседями, в том числе с Турцией и Крымом, хотя эти переговоры сводились в большинстве случаев к тому, какую денежную сумму Москва должна была уплачивать ежегодно Крыму, чтобы ее орды не нападали на московские владения. Нападения казаков сдерживали крымские орды от походов на московские земли, но вызывали страх и недовольство Москвы, что часто приводило к размолвкам с Доном.
Тем временем Москва обстраивалась. «Пушечная изба» развертывалась и превращена была в «Литейный Двор». Расширен был и «Зеленый» погреб. Выделка огнестрельного оружия продолжалась русскими мастерами, в числе которых сохранились имена: Яков и его ученики Ваня и Васюк, а также другие. Развивалась выделка ручного огнестрельного оружия. Вокруг Москвы вместо устаревших стен были построены новые с бойницами и рвом, наполнявшимся водой.
С началом выделки ручного огнестрельного оружия, или «пищалей», начали формироваться специальные войска «пищальников», на вооружении которых кроме холодного оружия были «пищали». Под названием «пищальников» зарождались пехотные и конные войска, вооруженные ручным огнестрельным оружием. Формирование этих войск производилось не из «посошного», а вольного, городского люда, т. е., по определению историков, «безземельной и бездомной голытьбы», наполнявшей города русских княжеств, нахлынувшего из пределов Золотой Орды казачьего населения. Служба «пищальников» была наследственной и пожизненной. Части пищальников делились на статьи или сотни, во главе которых ставились сотники, а высшими начальниками назначались «Головы». Части пищальников получали участки земли, на которых селились семьями и составляли обыкновенно вблизи городов «стрелецкие слободы». Кроме земельных участков, служивших им вознаграждением за службу, пищальники получали жалованье – 4 рубля в год, и имели право льготной торговли и кустарного ремесла. Пищальники составляли части, называвшиеся «казенными» и «городскими». Казенные содержались на средства казны, а городские – на средства городов. По назначению пищальники распределялись различно: часть их составляла охрану царя и расселялась в предместьях Москвы, остальные части расселялись по городам, на содержании которых они состояли. Они получали от городов земельные наделы, селились «слободами» в пригородах, и население города, с расчетом 3–5 дворов, должно было содержать одного пищальника.