Запорожским казакам король учредил тоже Кошевого атамана и старшину, пожаловал их войсковыми клейнотами и печатью. Главным городом реестровых казаков король назначил Чигирин и город Терехтемеров с уездом и монастырем, который отдал казакам для пропитания и лечения больных. Назначил им жалование по червонцу в год и по кожуху. При казачьих полках была земельная собственность, дававшаяся на ранг или чин, которая носила название ранговой. Казаки должны были подчиняться коронному гетману. Реформы внутреннего быта днепровских казаков, произведенные королем Баторием, историками принято считать за время появлении их на исторической сцене, когда беглые массы из Литвы и Польши Универсалом короля были превраще ны в организованное казачье войско. Примерно к тому же времени относится русскими историками и зарождение донских казаков. В русских государственных архивах найден Указ царя Ивана Грозного, относящийся к 1570 году, в котором царь отправляя послов к Крым и Турцию, обращался к донским казакам с повелением, чтобы они сопровождали московских послов. Царь адресовал Указ «На Донец Северский» атаманам казацким и казакам, в котором писал: «И приводить посла из Рыльска велели к Азову Мише Черкашину. А как он, даст Бог, Иван, близко будет к ближним зимовщикам атаманским». Этот официальный, найденный в московских архивах документ, историками принято считать за первоначальное появление донских казаков на исторической сцене, и превращения из из беглых холопей в казачье войско, к которому послал грамоту Царь. Историческая дата обращении Иоанна Грозного к донским казакам, как и Универсал польского короля Батория, приняты историками не для подтверждении исторической действительности казаков, а ее извращении. Извращение это касается не только истории казаков, а всей эпохи царствовании Иоанна Грозного. Русь со времени Иоанна Грозного была поставлена в ряду великих европейских держав. Донские казаки во время его царствовании приобрели мировую славу, поставившую их в ряды героев, открывавших новые материки.
Блестящая страница донских казаков, разгромивших ногайскую орду и покоривших Сибирское царство, зачеркнута историками быть не могла, но подвергалась ими извращенною. Казаки с Ермаком представлены как разбойники, как слепые исполнители указаний промышленников Строгановых, снарядивших их и указавших казакам цель. Оценка историков-гуманистов XIX столетия превратила царя в жестокого тирана удельных князей и боярства, боровшихся за свои уделы и систему государственной раздробленности. Полезная деятельность царя историками относится ко времени деятельности и руководства его окружении и благотворного влияния жены, царицы Анастасии. Ближайшее окружение царя, составлявшее «Царскую Раду», состояло из людей его возраста, не обладавших ни жизненным опытом, ни подготовкой к государственной деятельности, и как показывает история, не проявивших таланта ни в каких отношения. «Рада» для царя служила средством устранения от вмешательства управлении страной высокомерных и ничтожных по качествам знатных представителей княжеских родов и боярства. Ни Алексей Адашев, бывший постельным царя и участником его детских игр, ни его брат, ни князь Андрей Курбский, как и неизвестного происхождении священник Сильвестр, не проявили никаких качеств, которые могли бы быть отмечены историками.
Утверждении историков о их влиянии на деятельность царя, служат предлогом, чтобы превратить царя в бездарного деспота, тирана удельных князей и боярства, боровшихся за свои удельные владении, противников объединении государства, начинавшего выходить на путь самостоятельного развитии. Обвинять царя в жестокости к противникам объединения страны так же странно, как и утверждать преимущества ее раздробленности.
Среди членов «Царской Рады» с большими претензиями на роль правителя страны и по выражению царя «зазнавшимся», оказался расстрига поп Сильвестр. Он был первым и удален, затем за бесполезностью были удалены братья Адашевы, из которых Алексею, во время его возвышении царем сказано: «Алексей, я взял тебя из нищих и самых незнатных людей, поручаю тебе принимать челобитные от бедных и обездоленных, коих судьба мне вверена Богом. Не бойся ни сильных, ни славных, когда они, похитив честь, беззаконствуют. Все рачительно испытывай и доноси мне истину, страшась единственно суда Божии. Да не обманут тебя и ложные слезы бедных, когда они из зависти клевещут на богатых». С тех пор сам царь начал судить многие суды и розыскивать праведно.