20 мая на Красной площади собрался народ и стал кричать: «Кто убил царя?» Бояре, находившиеся в заговоре, вышли на площадь, объясняли и доказывали народу, что Димитрий — Самозванец. Народ не верил и видел, что те же люди им говорят, которые недавно убеждали их в том, что Димитрий истинный царевич. В числе этих бояр был и брат инокини Марфы, который тоже утверждал, что убитый Димитрий был Самозванец, и тело настоящего царевича в настоящее время прославлено чудом и оно будет перенесено в Москву. Действительно, чтобы убедить народ, в Москве распространяли слух, что «Бог испытывает свою благодать, и являет мощи нового чудотворца, царевича Димитрия».
Собравшимися на Красной площади боярами и толпой Шуйский был избран царем, и 1 июня венчался на царство. 3 июня было устроено большое торжество: прибыли в Москву «мощи» царевича Димитрия. Шуйский со всем Собором выехал для встречи за «Каменный город». С Шуйским рядом шла инокиня Марфа, мать Димитрия. Мощи внесли в Архангельский собор. В соборе Марфа говорила «покаянную» речь перед народом и просила прощения ее вынужденной неправды — признания «расстриги» законным сыном. По сведениям современников, многие не верили в истинность всего происходившего и ненависть к Шуйскому была настолько велика, что его хотели на улице побить камнями.
Цели Шуйского определились уже в самом начале занятии им престола. Бояре, не принимавшие участия в заговоре против Димитрия, были сосланы: Вельский — в Казань, Афанасий Власьев — в Уфу Масальский — в Корелу. Федор Романов, возвращенный из ссылки, был назначен патриархом и был послан за мощами в Углич, но там, по приказу Шуйского, был задержан и патриархом на его место был назначен Гермоген, о котором говорили, что он в молодости был донским казаком.
После смерти Димитрия и воцарении Шуйского России установилась власть бояр. Круг боярскогс правлении составили князья Шуйские, Голицын, Мстиславский и бояре: Романов И. П., Шереметьев и окольничий Татищев. При коронации Шуйский дал присягу: 1) никого не казнить смертью без суда боярского; 2) преступников не лишать имущества, но оставлять его в наследство женам и детям невинным; 3) в изветах требовать прямых и явных улик с очей на очи, и наказывать клеветников тем же, чему они подвергали невиновных, ими несправедливо оклеветанных. Обещании эти были нарушены в первые же дни его царствовании, и нежелательные для него люди стали подвергаться ссылкам и расправам. Василий Шуйский происходил в восьмом колене от Димитрии Суздальского, спорившего с Димитриев Донским о княжестве; был внуком Андрея Шуйского, казненного во время юности Ивана Грозного, и сыном воеводы, убитого шведами в 1573 году под стенами Лоде.
С первых же дней вступления на престол Шуйского по всей России начались против него волнении. Волнения поднимались не только против Шуйского захватившего престол путем обмана, а и против боярского засилия вообще. Поэтому этот период Смутного времени определялся не только династическим, но и общественно-экономическим порядком. Волнении, принявшие характер открытого военного движении, велись, главным образом, низшими слоями русского населении — крестьянством и носили характер чисто бунтарский.
Донские казаки, сбросив Годунова и посадив на престол Димитрии, возвратились домой, оставив для охраны царя небольшой отряд с Карелой. Но, как. пишет ак. Платонов, не успели казаки вернуться домой, как получили сведении, что царь их убит, и властью завладели бояре. Настроение казаков изменилось, и они заняли к новой власти враждебное положение. Однако, Шуйский, учитывая значение донских казаков в борьбе против Годунова, не только не раздражал их, но, как покажут дальнейшие событии, заискивал перед ними. Поэтому донские казаки в; первый момент поднявшегося мятежа против Шуйского участии в нем не принимали.