Вмешательство Швеции в московские дела вызвало недовольство польского короля Сигизмунда и ои объявил войну Московскому государству. Осенью 1609 года Сигизмунд появился с войсками под Смоленском и осадил его. Выступление Польши против Москвы произвело полную перегруппировку внутренних сил русского народа и изменило цели внутренней борьбы. С этого времени борьба стала принимать исключительно национальный характер, за освобождение Руси от иноземцев. Начало войны с Польшей имело важное значение и для «тушинцев». Сигизмунд, вступая в войну с Москвой, имел целью ее завоевание и занятие московского престола. Он послал в Тушино приказание польским войскам, чтобы они присоединились к нему у Смоленска, а Рожинекому иослал негласный приказ покончить с Самозванцем. Рожинский, Сапега и другие увидели, что король посягает на завоеванную ими страну, и отказались ему подчиниться. Отказались они, как и донские казаки, «ликвидировать» Самозванца. Когда цели короля были вскрыты, донские казаки, захватив с собой Самозванца, отправились в Калугу. Атаманом донских казаков был Заруцкий. В стане казаков была и Марина. После ухода казаков в Калугу, образовавшаяся придворная знать при «Тушинском самозванце» не пожелала следовать за ним, и не хотела возвращаться в Москву, к Шуйскому. Тушинская знать, возглавляемая Филаретом, обратилась к польскому королю Сигизмунду с предложением, чтобы он отпустил на московское царство своего сына, Владислава. Сигизмунд согласился и к нему было снаряжено посольство из 42 бояр. В это посольство вошли Филарет, князь Голицын, являвшийся одним из претендентов на московский престол. С Сигизмундом был заключен договор о том, что Владислав займет московский престол с условием, что примет православие. В это время Скопин приближался к Москве, и польские войска, занимавшие Тушино, оставили его и отошли в район Волоколамска. Туда же отправились и русские «тушинцы», составлявшие цвет тушинского боярства. Но около Смоленска Филарет и посольство было захвачено войсками Шуйского, защищавшими Смоленск, и отправлено в Москву. В Москве посольство не пострадало, но среди боярства стала внедряться мысль о свержении Шуйского и признании московским царем Владислава.
С уходом казаков и поляков из Тушино осада Москвы окончилась. 12 марта 1610 года Скопин-Шуйский с войсками вступил в Москву. В Москве начались празднества и торжества. Но во время обеда у Шуйского Скопин-Шуйский неожиданно заболел и умер. В Москве распространились слухи, что он как опасный для Шуйского претендент на престол был им отравлен. Со смертью Скопина прерывалась связь с северскими ополчениями и рязанским ополчением, возглавлявшимся Прокопием Ляпуновым. Рязанское дворянство составляло окружение Филарета, отстало от Самозванца, но не признавало и Шуйского, а стремилось возвести на московский престол Владислава.
Для дальнейшей борьбы против поляков Шуйский назначил воеводой своего брата Димитрия, который с большими силами двинулся к Смоленску. «Изыде со множество воин, но со срамом возвратися». Захваленные неожиданно на походе гетманом Жолкевским 24 июня, войска Шуйского были на голову разбиты у села Клушино. Последствии поражении были ужасны. Московские войска разбежались по городам и никто не вернулся в Москву. Шведское войско было отрезано от московских войск и частью сдалось полякам, часть ушла в новгородские земли. Рязанцы отказались от службы Шуйскому и у него не осталось никакой силы для защиты страны. Против него поднялись три группы: тушинцы — возглавлявшиеся Филаретом, Прокопий Ляпунов с ополчением и Василий Голицын. 17 июня Шуйский был сведен с трона и насильственно пострижен в иноки, примем он оказывал упорное сопротивление пострижению и не хотел произносить слова клятвы, клятву за него произносил князь Туренин. (Карамзин, т. 12, стр. 231).
Свержение Шуйского уничтожало всякое правительство. Страна осталась без власти и стала перед перспективой анархии. Польские войска двинулись к Москве, Смоленск находился в осаде короля Сигизмунда, а из Калуги двинулись донские казаки с Самозванцем. Москва снова оказалась в осаде. В Москве было образовано правительство из семи бояр во главе с Мстиславским. Это правительство вступило в переговоры с гетманом Жолкевским, возглавлявшим польские войска, подошедшие к Москве, о присылке в Москву Владислава. Соглашение было достигнуто и Москва была приведена к присяге польскому королевичу, Владиславу. После принесенной Владиславу присяги Жолковский поднялся против казаков и заставит их уйти в Калугу. Жолкевский был впущен в Москву и занял в ней все укрепленные пункты своими войсками. Бояре снова отправили «великое посольство» к Сигизмунду в Смоленск, во главе которого по-прежнему были посланы Филарет и князь Голицын.