Несмотря на намечавшиеся пути сближения с Москвой, на характер казаков влияла местная обстановка, беспокойный характер соседей — крымских татар, ногайских и других орд кочевников, угроза Турции. Поэтому казаки прочно держались своей независимости во всех отношениях, часто бывали не только ослушниками Москвы и царских указов, но даже производили расправу с царскими послами. После Смутного времени казаки были поставлены в необходимость принимать участие в военных походах московских войск. Они, по договору с московским царем, обязывались нести службу и по требованию Москвы посылать наряды войск.
В отношении Крыма и Турции казаки проявляли полную от Москвы независимость. Они пускались в Черное море, нападали на турецкий флот, вторгались в Крым и отваживались на легких челнах переправляться через Черное море, нападать на его южное побережье, занимать города и нередко доходить до Константинополя. Эти походы совершались ватагами донских казаков, или в соединении с днепровским. Точно такое же положение занимали яицкие казаки в отношении ногайской орды и киргизов, а терские — против окружающих их азиатских орд. Война казаков против азиатских орд велась повсюду. Донские казаки, возвратись после Смутного времени домой, должны были приступить к решению местных вопросов. Они должны были обеспечить не только свои земли от угрозы нападений враждебных соседей, но и добиться более широких целей: открыть себе путь в Азовское море, для чего необходимо было занять устье Дона. Но местные цели казаков стояли в резком противоречии с политикой Москвы в отношении Турции и подвластного ей Крыма.
После заключенного Москвы и Турцией договора начиналась война с Польшей. Казаки, несмотря на свое бедственное положение, в отписке московскому царю «мы пеши и безконны, и мы по юртам на зиму сели», отправили в состав московских войск 8 000 казаков. Московские войска приблизились к Смоленску, но воевода Пожарский заболел, оставит войска и уехал в Калугу. Гетман Лисовский двинулся вглубь московских владений, проник до Переяславля-Рязанского, Тулы, Серпухова, Алексина, захватывая и сжигая города. Против него было послано несколько воевод, но они перехватить его не могли и он благополучно возвратился в Литву. На отдаленном севере московских владений действовали запорожские казаки. Такой войны, — как говорит летописец— от начала мира не было. Не понимали русские люди, куда и как пробирались черкессы. Они появились в вологодской земле, заняв и разрушив Вологду, пошли на поморские города, воевали Вагу и тотемские и устюжевские места, потом пошли в двинскую землю, к морю, и вышли в новгородский уезд, к Сумскому Острогу. Нигде не могли остановить их и только в заонежских погостах их много побили, а олончане добили последних.
В Польшу снова было послано посольство, опять ни к чему не приведшее. Поляки узнали о выборе царя Михаила, и Сапега, в доме которого жил Филарет, заявил ему: «Нам известно, что сына твоего на престол посадили казаки». Полями грозили походом на Москву, чтобы посадить на престол Владислава. Новгород был в руках шведов и они тоже напоминали русским о кандидатуре своего царевича. На заявление русских, что на Руси есть царь, «избранный по Божью благоволению и согласием всей земли», Делегарди отвечал: «Царь Михаил посажен на престол казачьими саблями». Переговоры со шведами кончились вечным миром, и шведы обязывались очистить Новгород, Старую Русу, Порхов с его уездами и Сумирскую область. Царь Михаил Федорович отказывался от притязаний на литовские области и Корелу, и от титула на них в пользу шведского короля.
В августе 1615 года в Турцию снова было послано посольство с предложением султану Сулейману, чтобы он послал крымского хана войной на Польшу, и чтобы запретил крымцам нападать на московские земли. Это посольство прибыло в Крым, когда донские казаки вели войну с крымцами. В то время, когда послы были в Азове, татары привели шесть пленных донских казаков с атаманом Матвеем Листниковым. Татары подвергали атамана страшным пыткам, вырезая ремни из спины, а атаман переносил пытки, но не отвечал на вопросы татар. Азовский паша говорил послам: «Добро бы вам донских казаков помирить с азовцами, казаки нам, азовцам, чинять тесноту и вред большой, становятся они нам хуже жидов, а если казаков с азовцами не помирите, то мы всем городом отпишем султану и вам к нему приезжать не к чести…» (Соловьев, т. 8, стр. 1097). Послы прибыли в Константинополь и были приняты с почетом, но честь продолжалась недолго. Казаки напали на Азов и двенадцать дней держали его в осаде. Визирь обвинял послов, что они «пришли к государю не с добрым делом, а с обманом…». Послы отвечали, что они не ответственны за казаков, которые живут на своей воле и не состоят в подданстве царя. Но турецкому правительству было известно, что московские послы, проезжая Доном, привезли казакам «жалование» московского царя и отказ московских послов от казаков не был принят во внимание.