Иоанн Васильевич короновался на царство в январе 1547 года и в том же году женился на дочери боярина Романа Юрьевича, Анастасии. Действительное правление страной им началось в 1550 году, после тяжелого несчастья, постигшего Москву. В Москве в 1547 году произошел пожар, по размерам еще невиданный, испепеливший ее из края в край. Царь с царицей, братом и некоторыми боярами, спасаясь, выехали на Воробьевы горы. На следующий день царь поехал в Новоспасский монастырь навестить митрополита, и здесь царский духовник и некоторые бояре начали говорить, что Москва сгорела «волшебством». Чародеи вынимали человеческие сердцал мочили их в воде и водою той кропили улицы и оттого все загоралось. Культура русского народа в течение монгольского ига лишена была нормального развития и поддерживалась не столько путем грамотности, сколько устными преданиями. Большинство низшего духовенства было неграмотно, и церковные обряды справлялись по памяти. За некоторым исключением, кроме Новгорода, никаких рассадников просвещения не было. Проникновения просвещения с запада, «погрясшего в ереси», по установившемуся представлению церковной иерархии и народа, не могло быть. Даже открывшаяся в Киеве Духовная Академий, почиталась западно-еретической, и книги ее и науки находились под запретом. В таких условиях не Удивительно было, что религиозные представления были построены на грубом суеверии. Жизнь простого народа была проникнута суеверием в той же степени, как и высшего правящего класса. Суеверием была проникнута вся общественная жизнь и народный быт. Царь приказал сделать «розыск». Бояре собрали «черный» народ и стали спрашивать: «Кто волховал Москву?». В толпе закричали: «Волховала княгиня Анна Глинская!», то есть по матери родная бабка царя. Но ее с одним из сыновей в то время не было в Москве. Среди толпы находился второй ее сын, дядя царя, испугавшийся толпы и скрывшийся в церкви. На него бояре направили толпу, и несчастный был убит, люди его тоже были побиты и двор разграблен. Затем толпа потребовала выдачи бабки царя, Анны Глинской и ее сына. Требовании эти превращались в народный мятеж, царь приказал хватать мятежников, и мятеж был прекращен. В таких условиях Иоанн IV вступал в управление страной. Воспитанный с детства в неприязни к нему боярства, зная их лицемерие, царь, вступая в правление, начал подбирать себе сотрудников, облеченных его доверием, не считаясь со знатностью рода и возрастом. Приближенными оказались его стольник, Алексей Адашев, князь Андрей Курбский, из рода удельных ярославских: князей, неизвестный до сих пор священик Сильвестр, потрясший царя во время московского пожара речью «древнего пророка», упрекавшего его в нерадении и нежелании управлять страной. Из приближенных царем была создана «Думная Рада», в окружении которой царь и начал правление. Для решения стоявших перед страной задач, необходимо было использовать лучшим образом все средства и силы страны. Удельная система еще не была изжита, и владетельные князья в своих уделах являлись полными хозяевами. Земли в подвластных великому князю княжествах находились в собственности «наместников», назначавшихся князьями и обязанных несением службы. Наместники, владевшие землями, обязаны были для войны выставлять в зависимости от размера земельного надела соответствующее количество вооруженных сил, и отвечали скорей названию «кормленщиков», т. е. пользующихся землей для собственного прокормления. Выставлявшиеся ими в недостаточном количестве рати, обыкновенно были необученными, не вооруженными. А иногда случалось, что и совсем не выставлялись.
Наказания за небрежность и невыполнение княжеских указов цели не достигали, и требовалась коренная ломка установившимся порядкам. Внешняя обстановка требовала усилий Москвы для защиты границ от нападений, со всех сторон окружавших ее азиатских орд, остатков, распавшейся Золотой Орды. Страна в течение полустолетия была независима от иноземной власти. Заложены были основы внутреннего управления, устройства вооруженных сил и сношений с внешним миром. Управление боярства во время малолетства царя хотя и приостановило развитие государственных сил, но возможности эти не исчезли и должны были в более благоприятных условиях развиваться, и быть использованными для дальнейшего внутреннего и внешнего развития страны.