Скопление их на границах Дона и внутри, нарушало нормальную жизнь казаков и могло принять форму открытого мятежа. Усть-Медведицкий скит, укрытый в лесном овраге, и раньше был центром и приютом всех раскольников, оседавших: на окраинах Дона. По преданною, в этом скиту побывал и Степан Разин, и как будто пожертвовал скиту образ Божьей Матери, который хранился, по сведениям, до последнего времени в возникшем впоследствии на том же месте женском монастыре. Скит превратился в рассадник открытого мятежа после того, как настоятелем стал Васька Косой. Им стали рассылаться «прелестные» письма по Дону, Северному Донцу, и дальше на Яик и Терек. Раскольники просили всех не слушаться царей, патриархов, и крепко держаться за старую веру. «Аще же какой опал быдет с Москвы, — писали раскольники, — то тогда ищите к нам. За нас многие орды и калмыки, не покинет нас и Чаган Богатур и Ногай Мурза, как пойдем на Москву замутим всеми…». Часть раскольников двинулась внутрь территории Дона, проникла к Черкасску и стала уговаривать казаков стать в защипу старой веры. Казаки разогнали их, и они ушли на Кавказ и предались мусульманам.
Казакам была непонятна жестокость Москвы в преследовании людей, молившихся по старым книгам, но для Москвы раскольники были неприемлемы, как мятежники против церкви и царя. В 1688 году Москва потребовала, чтобы донские казаки уничтожили раскольничий скит в устье Медведицы. В это время Войско было в походе с войсками кн. Голицына на Крым. Атаман войска, Фрол Минаев с 3 000 казаков, имел приказание действовать против Крыма со строны Азова. Против Косого был послан отряд казаков. Раскольники оказывали упорное сопротивление, и осада скита затянулась на целый год. С подходом свежих сил сопротивление было сломлено и скит был разрушен. Все городки на Медведице казаками были разрушены, а часть раскольников бежала на Кубань и укрылась в пределах Шавкала Таркоского в Дербенте. 500 человек с Косым отошли и укрылись в пределах Тамбова, построили себе городки, но в 1689 году были снова казаками рассеяны.
И все же на Дону было немало сочувствующих расколу. Атаман Минаев говорил московскому послу, что среди казаков находятся сторонники раскола, оспаривают царские указы и ворам потакают, а добрым казакам и старшинам говорить нельзя — потому могут побить. Голытьбы на Дону много, и нам от нее тесно становится. Из этих лиц создавалась раскольничья группа, проявлявшая тот же фанатизм, которая даже стала замышлять открытую борьбу с Москвой. Один из более приверженных расколу был видный старшина Черносов и к нему присоединился поп Самойло. Они стали посылать письма на Яик и Терек, чтобы народ не слушался ни царей, ни патриархов, но крепко держался за старую веру. Противодействие раскольникам затруднялось внешними событиями, связанными с войнами Москвы и неизбежным участием казаков в походах.
Польский король Ян Собесский примкнул к европейскому союзу против Турции, решил поддержать австрийского императора Адольфа, вступившего в войну с Турцией. Людовик XIV радовался тяжелому положенною Габсбургов и старался отговорить Собесского от союза с императором, но он остался при своем мнении, что гибель Австрии будет гибелью и Польши. В июле 1683 года 200 000 турецкого войска, под начальством визиря Кара-Мустафы перешли Раап и устремились к Вене. На помощь Австрии подошли 84 000 христианского войска: автрийцы, саксонцы, баварцы, франсконцы и поляки. Польский король принял начальство над всеми войсками и 12 сентября ударил на турок и одержал блистательную победу… Кара-Мустафа оставил богатый обоз и добычу победителям и убежал к Раапу.