17 октября в Переяславле была созвана Рада. Обеими сторонами Днепра гетманом был избран Юрий Хмельницкий. Старые и новые статьи определяли обязанность гетмана и казаков, в которых указывалось, что гетман с войсками должен быть готовым на царскую службу. Без государева указу на войну не ходить, царским воеводам быть в Переяславле, Чернигове, Бреславле, Ужни для обороны от неприятеля. Реестровые казаки освобождались от постоев войск, от нарядов подвод. Знамена, пушки и большую верховую пушку, взятые под Конотопом, приказано было отослать в Киев. Беглых крестьян выдать и впредь не принимать. Рада поставила «быть так, как написано». В 1659 году гетман и старшины принесли присягу. Присоединение днепровских казаков к Москве вызвало тревогу в Польше и Крыму и между ними начались переговоры для совместных действий против Москвы. Среди казаков — противников присоединения к Москве также выражалось неудовольствие. В Москву было снаряжено посольство, возглавлявшееся Одинцом и Дорошенко, бить челом, чтобы: 1) московских войск нигде, кроме Переяславля и Киева, не было, 2) чтобы суд над местным населением зависел от местных властей, 3) чтобы киевский митрополит подчинился не московскому, а византийскому патриарху. Последнее требование противоречило постановлению Рады, утвердившей, что киевский митрополит должен подчиняться московскому.
Начиналась новая война с Польшей, на стороне которой были крымцы. У Шереметьева было 60 000 войска, в том числе 11 полков казаков, во главе с полковником Цецура. Запорожцами было выслано два полка, а кошевой в Запорожье остался с 10 тысячами, из которых кошевому Серко с 5 000 было приказано промышлять против Крыма. Хмельницкий просил Москву прислать для поддержки еще войск, так как на стороне Польши будут татары. Из Москвы ответили, что на помощь казакам посылаются из Белгорода Скуратов и князь Щербатов. Донским казакам приказано промышлять против Крыма с Дона. Шереметьев встретил 30 000 поляков и с ними 60 000 татар. Он отступил к Чудову, где был осажден польскими и татарскими войсками. С Хмельницким поляки начали переговоры и он присягнул польскому королю. Шереметьев принужден был к сдаче. Цецура отделился от него раньше. Поляки передали Шереметьева татарам и он был отправлен в Крым. Чудовское поражение было еще более тяжелым, нежели конотопское. Более молодые и способные воеводы погибли и большая часть армии была уничтожена. Днепровские казаки перешли на службу польского короля, который сразу взял их в «ежовые рукавицы», давая понять, что с вольницей покончено. Не менее тяжелыми последствиями поражение это сопровождалось и для слободского населения. Правобережная часть ее подверглась страшной разрухе поляками и их союзниками татарами. Оставшееся население превращено было в холопей польских помещиков.
Наступательные действия Польши остановились из-за отсутствия денег. Армия, не получая жалованья стала разбегаться. Московские войска оставались в Киеве, Севске и Путивле, население Украины было предоставлено само себе. В левобережной части, в Переяславле, дядя Хмельницкого, казаки, горожане, духовенство клялись, что будут умирать за великого государя, за церковь и веру православную, а городов своих врагу не отдадут. Запорожцы с кошевым Брюховецким тоже были за царя. Прочно за царя держался и нежинский полковник Золотаренко. Серко с частью запорожцев держался в стороне. Но между этими тремя группами началась вражда из-за гетмана. На Раде в Переяславле был избран гетманом Золотаренко, но его не признало Запорожье. Противником Золотаренко был Брюховецкий.