До 1967 года никаких серьезных изменении в КГБ не происходило, не считая небольших структурных изменений осенью 1966 года, когда Учетно-архивный отдел стал Десятым отделом; Группа при Председателе КГБ по изучению и обобщению опыта работы органов госбезопасности и данных о противнике была преобразована в группу референтов при Председателе КГБ, появился Одиннадцатый отдел, отвечавший за координацию связи с органами госбезопасности социалистических стран. Хотя в качестве самостоятельного подразделения он просуществовал недолго. Уже 24 июля 1968 года этот отдел вернулся в Первое главное управление (внешняя разведка), откуда он и был выделен.
В дополнение к Коллегии КГБ в 1961 году в краевых и областных управлениях были созданы постоянно действующие советы при начальниках управлений. Постепенно расширялась компетенция и права местных органов госбезопасности. Так, например, начальникам оперативных подразделений центрального аппарата и руководителям местных органов было дано право санкционировать мероприятия по вербовке и компрометации иностранцев, не пользующихся дипломатической неприкосновенностью, а также моряков и рыбаков, заходящих без разрешения в территориальные воды СССР.
Несмотря на частую смену председателей КГБ органы госбезопасности вышли из кризиса, спровоцированного кадровыми и структурными реформами середины пятидесятых годов прошлого века, и начали активно влиять на ситуацию в сфере защиты государственных и военных секретов. Так, 1 октября 1965 года была утверждена новая «Инструкция по обеспечению сохранности государственной тайны и режима секретности проводимых работ».
В ней, дополнительно к мероприятиям по защите гостайны, описанным в одноименной инструкции 1959 года, были добавлены процедуры:
разработки, хранения и использования мобилизационных документов;
учета, хранения, использования и уничтожения материалов счета задач на вычислительных машинах;
порядок оформления и передачи «Сов. секретных» и «Секретных» документов, секретных изделий, товарно-сопроводительной и неревозочной документации за границу;
порядок приема руководителями учреждений и предприятий делегаций из иностранных государств.
Инструкция 1965 года оставила название «секретные отделы», или «секретные части», и добавила те, которые стали именоваться первыми отделами, или первыми частями.
Одновременно происходило совершенствование оперативно-розыскной деятельности. Например, в 1964 году была принята «Инструкция о порядке проведения оперативно-технических мероприятий в практике оперативно-агентурной и следственной работе КГБ». Это, в частности, позволило с помощью комплекса оперативных мероприятий «Пров» подтвердить связь офицера ГРУ Олега Пеньковского с британской и американской разведками.[46]
Совершенствовались и оперативно-розыскная деятельность. Если говорить о перлюстрации корреспонденции (ПК), то в 1965 году Коллегия КГБ обсудило состояние дел в этой сфере. Был подготовлен единый план службы ПК (операция «Алмаз»), согласно которому основное внимание уделялось потоку исходящий международной корреспонденции. А 28 ноября 1967 года вступила в силу «Инструкция по негласному контролю почтово-телеграфных отправлений органами Комитета государственной безопасности при Совете Министров СССР».
Для повышения уровня контрразведывательной работы среди иностранцев в 1965 году был разработан план агентурно-оперативных мероприятий «Операция 100». Вначале он охватывал европейскую часть страны и Закавказье, а потом распространился на Среднюю Азию. Смысл этого плана состоял в том, чтобы скоординировать действия контрразведывательных подразделений в масштабе почти всей страны.
Основываясь на опыте «Операции 100», в 1967 году был разработан перспективный план контрразведывательной работы под названием «Операция «Горизонт». В том же 1967 году среди иностранцев, приезжавших в СССР на короткое время, было выявлено более 250 сотрудников и агентов спецслужб иностранных государств. Более ста из них были изобличены и выдворены из СССР.
Все эти действия председателю КГБ Владимиру Семи-частному пришлось согласовывать с «могучей кучкой», так современники прозвали группу его заместителей и начальников управлений, которые пришли в начале пятидесятых годов прошлого века из партийных органов. При этом сам Владимир Семичастный входил в группу «комсомолят». А ведь еще были профессиональные чекисты, которые проработали в органах не один десяток лет. Решение о смещении Владимира Семичастного с поста председателя этого ведомства было объявлено на заседании Политбюро ЦК КПСС 18 мая 1967 года. Тогда же был назван новый руководитель — Секретарь ЦК КПСС и заведующий Отделом ЦК по связям с коммунистическими и рабочими партиями социалистических стран Юрий Андропов. На Пленуме ЦК КПСС 20 июня 1967 года он был освобожден от обязанностей Секретаря ЦК, однако тут же был избран кандидатом в члены Политбюро ЦК КПСС.
Существует две неофициальные версии объясняющие, почему Владимир Семичастный лишился поста председателя КГБ.