Низложенный Фотий энергично работал над своим восстановлением. Он создал в царе расположение к себе и удивление перед своею ученостью. Царь обращался к нему за разрешением различных вопросов, а потом взял его во дворец в качестве воспитателя своих детей. Когда патриарх Игнатий умер 23 ноября 877 г., то Фотий был бесспорным заместителем его. Он всячески добивался сочувствия ему со стороны своих противников вообще, и в особенности со стороны папы. Не упоминая о смерти патриарха Игнатия, император по указанию Фотия пишет письмо папе Иоанну VIII (872-888 г.), прося его прислать легатов для устранения последних расколов и успокоения Церкви. Делегатами были посланы епископы Павел и Евгений. Они были крайне удивлены, когда узнали, по прибытии в Константинополь, о смерти Игнатия и возвышении Фотия. Во всяком случае, они не имели инструкций от папы войти в общение с Фотием. Началась новая переписка Византии с Римом, чрез которую императору и Фотию удалось убедить папу, находившегося в стесненных обстоятельствах, признать Фотия. Папа послал в Константинополь кардинала Петра, который соединился там с двумя другими легатами. Все они совсем ничего не знали по-гречески. Это обстоятельство, по латинским заявлениям, сделало возможным извращение действительного положения вещей и, вследствие этого, невыполнение легатами инструкций и данных полномочий от папы. Собор открылся в ноябре 879 г. Соборные акты определенно говорят, что Фотий «Вселенский патриарх», председательствовал на всех заседаниях; папские же легаты сидели рядом с ним. Заседания соборные завершились в марте 880 г., просто каким то апофеозом Фотия. Не сразу папа Иоанн VIII разобрался в актах и донесениях Собора. Когда же все понял, то осудил своих легатов и предал анафеме Фотия.
После Собора 879-880 г., Фотий достиг зенита своей славы и влияния; он был так велик и важен, как еще ни один епископ нового Рима до него. Но, все человеческое — не прочно. В конце августа 886 г., умер император Василий I; его место занял его сын Лев VI Мудрый, воспитанник Фотия. Тем не менее, вскоре по восшествии на престол, он лишил кафедры Фотия и поставил в патриархи своего 16-тилетнего брата Стефана, еще отцом предназначенного для этой цели. Затрудняющий своим объяснением факт свержения Фотия императором Львом, находит свое естественное оправдание в том, что величие Фотия стало опасным для царской власти (см. его идеологию в законодательном сборнике Епаногоге). Если еще опытный и умудренный жизнью император Василий мог померяться силами с Фотием, то было очень опасно иметь такого соперника молодому царю Льву VI. Это предвидел и Василий, почему и стал подготовлять к духовной карьере своего младшего сына. Если патриарх Михаил Керулларий в половине XI-го века готов был сделать опыт овладеть и государственною властью, то почему этого не мог предпринять, при благоприятных обстоятельствах, Фотий? Это падение Фотия было окончательным, и его звезда закатилась в безвестности († 897 г.).
Как видим, во второй половине IХ-го века начавшиеся частые, оживленные взаимоотношения между Римской и Византийской Церквами имели, к сожалению, не мирный, а полемический характер. При чем следует обратить внимание на то, что раздор вращался более между личностями, чем между Церквами. Игнатий, Стефан приемлемы для Рима, Фотий и отчасти Николай — нет. Но еще тогда Фотий пододвигал догматическое основание для возможного разделения Константинополя с Римом.