Не добившись ничего в течение своего четырехнедельного пребывания в Вене, папа отправился в обратный путь. Император проводил его до Мариабрунна, и перед прощанием они совершили в монастырской церкви общую молитву; но уже в тот же день туда прибыли императорские чиновники, чтобы закрыть монастырь. Этим Кауниц хотел отомстить за слабость и несамостоятельность своего императора. За неудавшимся посещением последовала весьма оживленная переписка между курией и австрийским правительством. Император Иосиф лично отправился в Рим, но не для того, чтобы преклоняться перед папой и исполнять его волю; напротив, он определенно высказался перед испанским посланником, что у него есть намерение добиться для церкви Австрии большей самостоятельности. Пусть называют его схизматиком – это для него ровно ничего не значит: он не боится перунов Ватикана. Испанский посланник, однако, охладил в нем эти идеи, доказав ему, что такой разрыв с папой неисполним на почве римского католицизма, что он возбудил бы только фанатизм в народах Австрии. Иосиф согласился с таким дипломатическим соображением, и вместо предполагавшегося разрыва между императором и папой состоялось наилучшее соглашение. Позже, когда счастье оказалось неблагоприятным для его оружия, когда нидерландцы отложились от него, когда проявилось брожение и недовольство во всей Австрии, он отменил большую часть своих законов. Остались только в силе отмена крепостного права и эдикт о веротерпимости. В своем завещании Иосиф просил прощения у всех тех, кому он не оказал полной справедливости, и просил всех не забывать, что «монарх на своем престоле такой же человек, как и всякий бедняк в своей хижине, и что оба они подлежат одним и тем же заблуждениям».