Из многочисленных сочинений Оригена против еретиков до нашего времени не сохранилось ни одного. Зато сохранилось основательное сочинение «Против Цельса»,
о котором упомянуто было выше. Из догматических сочинений Оригена особенного внимания заслуживают его «Строматы» в 10 книгах и «О началах», то есть вещей или веры. В первом из них Ориген стремится привести в гармонию христианское вероучение с греческой философией, для чего параллельно с христианскими догматами излагает лучшие мнения греческих философов. Впрочем, от «Стромат» сохранилось только несколько отрывков. Сочинение же «О началах» сохранилось вполне, хотя и в латинском переводе. Оно представляет собой первый опыт научного, систематического изложения христианских догматов, или опыт христианской догматики в смысле науки; но, как первый опыт, догматическая система Оригена имеет свои слабые стороны. Так, в изложении учения о Святой Троице, при неточности выражений, у него заметна односторонность в воззрениях на взаимное отношение Лиц Святой Троицы; кроме того, у него встречаются еще произвольные мысли, не разделяемые Церковью. Опровергая учение антитринитариев-модалистов, сливавших Лица Святой Троицы до уничтожения их существенного различия между собою, Ориген должен был решительно доказывать отдельность Лиц Святой Троицы одно от другого развитием учения об Их личных свойствах. Так, Бог Отец, по понятиям Оригена, есть нерожденный (αγέννητος) и непроисшедший (άγενητός), Сын есть рожденный (γέννητος) и происшедший (γενητός) от вечности из сущности Отца и Дух Святый также есть происшедший (γενητός) от Отца. В Боге Отце, таким образом, получают Свое начало Сын и Дух Святый. Отсюда Бог Отец, по выражению Оригена, Αύτόθεος (Самобог), или ό Θεος (Бог в собственном смысле), а Сын Божий, как происшедший от Отца, есть просто Θεός, или второй Бог. Отсюда выходило то, что Ориген различие между Лицами Святой Троицы доводил, по-видимому, до того, что отрицал равенство Их между собою, ставил одно Лицо выше, а другое ниже, подчиняя одно другому. Далее, слово γενητός, употребленное Оригеном для выражения отношений Лиц Святой Троицы между собою, принималось в широком значении происхождения вообще, каким бы то ни было образом, одного существа от другого и в более тесном — творения одного существа другим. Отсюда выходило, если понимать слово γενητός в последнем смысле, то, что Ориген неравенство Лиц Святой Троицы основывал на том, что одно Лицо сотворено другим. Впрочем, Ориген замечал, что на человеческом языке нельзя выразить понятия о взаимном отношении Лиц Святой Троицы. Впоследствии воззрения Оригена на этот вопрос и его выражения в приложении к Лицам Святой Троицы послужили одним из поводов к развитию целой ереси в Церкви. Что касается произвольных мыслей Оригена, то он высказывал их не как положительное учение Церкви, а как свои личные предположения. Таковы его мнения о творении душ человеческих прежде творения этого видимого мира (теория предсуществования душ), о падении их всех в одно время, о существовании многих миров прежде творения этого видимого мира, о наступлении времени, когда мучения грешников прекратятся.