Став полновластным хозяином империи, Оттон IV порвал с папой, который ранее его поддерживал. В очередной раз основной причиной разлада стали попытки императора укрепить свою власть в Италии и сопротивление этому со стороны папы. Приверженцы Отгона поощряли действия сторонников республики в Риме, а сам он готовился к вторжению в Сицилийское королевство, принадлежавшее, во всяком случае номинально, папскому престолу, так как молодой Фридрих был вассалом Иннокентия.
В ответ Иннокентий отлучил Отгона от церкви, объявил его низложенным, а законным императором назвал молодого Фридриха. При поддержке папы Фридрих перешел через Альпы, появился в Германии и вырвал императорскую корону из рук своего дяди. Победа была одержана в результате весьма странных действий как Фридриха, так и Иннокентия. Поддержав Фридриха, Иннокентий способствовал восстановлению династии Гогенштауфенов – традиционных противников папского престола. Со своей стороны, новый император Фридрих II получил корону на основании заявления папы о его власти над императорами и королями. Таким образом, Иннокентий признал Фридриха, а новый император молчаливо признал за папой право определять законного правителя. Германия была не единственной страной, в дела которой вмешивался Иннокентий III. По сути в Европе вряд ли был какой-то монарх, который не испытывал бы давления с его стороны.
Во Франции он вмешался в семейную жизнь короля Филиппа Августа. Король овдовел и женился на датской принцессе, но затем отказался от нее и взял третью жену. Иннокентий призвал короля вернуться к законной жене, и когда Филипп отказался, наложил интердикт на всю страну, запретив совершать таинства. Филипп созвал знать и епископов в надежде, что они поддержат его. Но они приняли сторону папы, и Филипп был вынужден оставить третью жену и вернуться ко второй. Низложенная королева вскоре умерла от психического расстройства. Восстановленная же в правах королева остаток жизни провела в жалобах, что ее мнимое восстановление по сути вылилось в нескончаемую пытку. Как бы там ни было, папа одержал верх над одним из самых могущественных монархов того времени.
В Англии правил Иоанн Безземельный, брат и наследник Ричарда Львиное Сердце. Супружеская жизнь Иоанна была еще более беспорядочной, чем у Филиппа, но Иннокентий не вмешивался, так как в то время нуждался в поддержке Англией своих усилий по возведению Оттона на престол в Германии. Но позднее между Иннокентием и Иоанном возник конфликт по вопросу о том, кого следует считать законным архиепископом Кентербе-рийским. На эту самую важную в Англии кафедру претендовали два человека, и оба обратились к папе. Иннокентий ответил, что законным архиепископом не может быть ни один из них. На эту должность он назначил Стефана Лэнгтона. Иоанн Безземельный отказался признать решение папы, и Иннокентий отлучил его от церкви. Когда этого оказалось недостаточным, Иннокентий объявил о низложении Иоанна, освободил всех подданных от присяги ему и призвал к крестовому походу против него. Возглавить его должен был король Франции Филипп Август, охотно подчинившийся папе в этом вопросе. Сомневаясь в лояльности многих своих подданных и в возможности сохранить власть, Иоанн капитулировал и сделал все свое королевство вассальным владением папского престола, как раньше это произошло с Сицилийским королевством.
Иннокентий принял капитуляцию Иоанна, отменил готовившийся Филиппом поход и стал верным сторонником своего нового союзника. Например, когда английские бароны при поддержке Стефана Лэнгтона вынудили Иоанна подписать Великую хартию вольностей, ограничивавшую власть короля, Иннокентий заявил, что это узурпация власти. Но все его протесты ни к чему не привели.
Иннокентий вмешивался и в испанские дела. Педро II Арагонский, Католик, был вынужден превратить свое королевство в вассальное владение папского престола, сделав тем самым обоснованными заявления Иннокентия, что все завоеванные у неверных земли принадлежат папской власти. По иронии судьбы этот король, известный под прозванием "Католик", погиб, защищая еретиков, во время объявленного Иннокентием крестового похода против альбигойцев. Королевства Леон и Кастилия тоже испытали на себе давление Иннокентия, когда он не дал разрешения на брак короля Леона с дочерью его двоюродного брата, короля Кастилии. И вновь по иронии судьбы один из отпрысков этого запрещенного брака, Фердинанд III Кастильский и Леонский, был объявлен церковью святым.
Это лишь немногие примеры широкомасштабной международной политики Иннокентия. Он вмешивался в дела Португалии, Богемии, Венгрии, Дании, Исландии и даже Болгарии и Армении. Хотя это было сделано против его воли, захват Константинополя во время Четвертого крестового похода и провозглашение там Латинской империи тоже способствовали распространению его власти.