Практические занятия по богословию включали в себя комментарии Библии или "Сентенций", проповеди и "диспуты". Последние были практическими занятиями по определению. Предлагался вопрос для обсуждения, и присутствующим предоставлялась возможность приводить доводы в пользу того или иного ответа, основываясь на авторитете Писания или какого-то древнего автора. Таким образом составлялся список противоречивых мнений, как в книге Абеляра "Да и нет". Затем преподавателю предоставлялось время для подготовки ответа, и на следующем занятии он должен был высказать собственное мнение и доказать, что оно не противоречит ни одному из авторитетных источников, на которые ссылались те, кто отстаивал противоположное мнение. В конце концов этот метод получил такое распространение, что богословы включали в свои книги различные "Комментарии Сентенций", как это сделал, например, Фома Аквинский в "Сумме против язычников" и в "Сумме теологии".
Другим фактором, оказавшим большое влияние на развитие схоластики, стало возрождение в Западной Европе интереса к философским взглядам Аристотеля. Со времени Юстина во II веке большинство христианских богословов, особенно на Западе, привыкли к по сути своей платонистским или неоплатонистским философским воззрениям. Немногие сочинения Аристотеля, которые читали и использовали, касались главным образом логики и не противоречили в основе своей платонистской направленности раннего средневекового богословия. Но затем в результате крестовых походов и особенно контактов с мусульманами в Испании и Сицилии получило распространение более основательное знание философии Аристотеля, и стало ясно, что она во многом расходится с общепринятыми концепциями. Кроме того, поскольку наиболее известным комментатором Аристотеля был Аверроэс, в Западную Европу проникли и его теории. Это прежде всего проявилось на философском факультете Парижского университета, где интерес к новой философии был особенно сильным.
Новые философские идеи с энтузиазмом восприняли многие преподаватели парижского философского факультета. Поскольку они обычно читали Аристотеля сквозь призму его основного комментатора Аверроэса, их назвали "латинскими аверроистами". В их философских воззрениях были элементы, приводившие богословов в глубокое смущение. Прежде всего – упор на недопущении какого-либо давления догматов веры и богословских взглядов на рациональные философские размышления. Аверроисты утверждали, что по пути разумных объяснений надо пройти до конца, а если при этом выводы, сделанные на разумных основаниях, будут отличаться от богословских концепций, то эту проблему надо решать богословам, а не философам. Такая позиция позволяла им принимать многие положения Аристотеля и Аверроэса, противоречившие традиционному христианскому учению. Например, они говорили о разумности представления, что материя вечна, а это противоречило учению о сотворении из ничего, и что все души в конце концов сливаются в одну, а это противоречило христианскому учению о личной жизни после смерти.
Этому вызову некоторые богословы противопоставили традиционные платонистские и августинские концепции. В частности, святой Бонавентура, наиболее выдающийся францисканский богослов XIII века, утверждал, что для правильного понимания необходима вера. Например, учение о сотворении показывает, как нам надо понимать мир, и люди, не принимающие этого учения, могут легко прийти к ложному выводу о вечности материи. Кроме того, все знание исходит из Слова Божьего, воплощенного во Христе, и заявления о каком-то знании, не относящемся к Нему, означают отрицание самой сути и самого источника знания, на которое претендуют эти люди.
Но наряду с аверроистскими и традиционно августинскими богословскими взглядами была и другая альтернатива. Она заключалась в изучении возможностей, которые новая философия предоставляла для лучшего понимания христианской веры. Именно по этому пути пошли два великих учителя доминиканского ордена: Альберт Великий и Фома Аквинский.
Альберт, чье преподавание в Париже и Кельне часто прерывалась в связи с необходимостью выполнения других возложенных на него задач, проводил четкое различие между философией и богословием. Философия строится на основе самостоятельных принципов, которые могут быть познаны без откровения, и пытается раскрыть истину чисто рациональными методами. Истинный философ не стремится доказать того, чего разум понять не может, даже если речь идет о вопросах веры. Богослов же, со своей стороны, исходит из раскрытой истины, которую невозможно познать только разумом. Это не означает, что богословские учения заслуживают меньшего доверия. Наоборот, данные, полученные через откровение, всегда надежнее тех, что выведены в результате логических умозаключений, так как разум может ошибаться. Но это означает, что философы, если они не выходят за рамки той сферы, на которую распространяется разум, вольны рассуждать без оглядки на указующий перст богословия.