Но при всем при этом сохранялись разногласия и слабости, в конечном счете приведшие к крушению всей внушительной конструкции средневекового христианства. Уже в 1261 году прекратила существование Латинская империя в Константинополе, а вместе с ней и сомнительный союз Запада и Востока, установленный в результате Четвертого крестового похода. В XIV и XV веках новые экономические и политические условия поставили папство в сложное положение, в результате чего оно утеряло значительную долю своей власти. Тенденции к созданию национальных государств, войны, эпидемии, злоупотребления властью и нашествия развеяли мечты XIII века и открыли путь для установления нового порядка.
Экономика, основанная на денежном обращении и набиравшая силу в течение двух последних веков, к концу средневекового периода стала определяющим фактором жизни общества. Развитие кредитной системы, торговли и производства – разумеется, в несоизмеримых с XX веком масштабах – постепенно повышало роль буржуазии. Интересы этого приобретавшего все больший вес класса входили в противоречие с интересами феодальных сеньоров. Частые междоусобные войны между феодалами, налоги, которыми они облагали перевозку товаров по своей территории, их стремление к автаркии препятствовали торговле и делали ее менее выгодной. Буржуазия была заинтересована в сильной централизованной власти, которая бы покровительствовала торговле, обеспечивала порядок, регулировала чеканку монет и положила конец междоусобным войнам. Поэтому буржуазия поддерживала политику королей, направленную на ограничение власти высшей знати.
Короли тоже извлекали выгоду из этого союза. Феодалы могли позволить себе не повиноваться монарху только в том случае, если у того не было возможности направить против них сильную армию. Деньги же на войну короли получали у буржуазии. Таким образом, в позднем средневековье становление абсолютистских монархий сопровождалось повышением роли банкиров и купцов.
В ходе этого процесса возникло несколько современных государств. Первыми под властью достаточно сильных монархов объединились Франция, Англия и скандинавские страны. Испания оставалась разделенной на несколько христианских королевств и мусульманское государство в Гранаде и объединилась только в самом конце средневековья. Германия и Италия объединились еще позднее.
В этот период существенное влияние начали оказывать тенденции к складыванию национальных государств. Ранее большинство европейцев считали себя уроженцами какой-то конкретной местности или города. Но теперь все чаще говорили о французском народе, например, и жители этой страны все отчетливее осознавали свое отличие от других народов Европы. Этот процесс затронул даже отдельные земли, которые не были объединены под властью сильного монарха. В конце XIII века ряд альпийских общин взбунтовались и основали Швейцарскую конфедерацию, которая в течение следующего столетия продолжала расти и нанесла несколько поражений направленным туда императорским войскам. Наконец, в 1499 году император Максимилиан I был вынужден признать независимость Швейцарии. В Германии, хотя страна оставалась раздробленной, многое указывало на то, что жители ее различных курфюрств, княжеств, земель и свободных городов начинали осознавать себя немцами и противостоять внешним вмешательствам, чему и способствовала их разобщенность.
Национальный фактор подрывал претензии папского престола на всеобъемлющую власть. Когда папы склонялись на сторону Франции, как это было, например, при переносе их резиденции в Авиньон, англичане проявляли неповиновение и даже открыто им противодействовали. С другой стороны, когда папы отказывались быть послушным инструментом в руках французов, Франция просто-напросто избирала другого папу, и вся Европа оказывалась расколотой. В результате всего этого папство в значительной степени утеряло свой престиж и авторитет, и многие начали возлагать надежду на реформирование церкви, не связанное с папством.