На восточном побережье Африки португальская колонизация сопровождалось еще большим насилием. Когда Васко да Гама приплыл в Мозамбик и увидел, что многие жители там были мусульманами, он обстрелял город из пушек. Подойдя к Момбасе, он сделал то же самое. В конце концов он заключил союз с племенем малинди, соперничавшим с Мозамбиком и Момбасой. В 1505 году Португалия отправила в Индию флот, состоявший из двадцати трех кораблей, с поручением останавливаться по пути и закрепить господство Португалии в Восточной Африке. За пять лет португальским стало все побережье. В 1528 году Момбаса еще раз попыталась восстать и вновь была расстреляна из пушек.
Первые португальские священники появились в Мозамбике в 1506 году. Основная их задача заключалась не столько в обращении африканцев, сколько в служении капелланами в португальских гарнизонах. Под юрисдикцию созданного в 1534 году епископства Гоа в Индии поставили все восточное побережье Африки.
В то время как большинство португальских священников оставались на побережье под прикрытием португальских пушек, многие иезуиты и доминиканцы шли в глубь континента. Наиболее известным из них был иезуит Гонсало де Сильвейро, который дошел до Зимбабве, где обратил в веру и окрестил правившего там вождя. Но африканские торговцы, опасавшиеся, что успехи миссионеров откроют путь португальским купцам, убедили вождя, что иезуит – шпион и что он занимается черной магией. Узнав, что вождь решил убить его, Сильвейра решил не бежать, а остаться на своем посту, но был задушен во сне. Восхищение многих африканцев заслужили и многие другие миссионеры, отдавшие жизнь в течение последующих пятидесяти лет. Но хотя многие принимали мученическую смерть, большинство священнослужителей не проявляли особой заботы об африканцах, что отражало позицию официальных властей Португалии, которые обратили взгляд на Дальний Восток и уже не очень интересовались африканскими колониями.
Когда после первых открытий Колумба папа поделил весь нехристианский мир между Испанией и Португалией, последней досталась не только Африка, куда уже проникли португальские колонизаторы, но и весь Восток, который всегда был основной целью колонизации Африки. По возвращении Васко да Гамы стало ясно, что Португалия не в состоянии покорить обширные территории и многочисленные народы Индии, Японии и Китая. Поскольку восточные товары – шелк и пряности – высоко ценились на европейских рынках, Португалия избрала политику торговли, а не завоеваний.
Но чтобы сделать торговлю с Востоком выгодной, Португалии необходимо было взять ее под свой контроль. Именно эту цель преследовало создание широкой сети военных баз, призванных служить пунктами ремонта и обслуживания для португальских судов и охранять морские пути. Закрепившись на обоих побережьях Африки, португальцы заперли Красное море, захватив остров Сокотру и другие близлежащие земли. В Индии они взяли Гоа и укрепили его. База на Цейлоне позволяла им контролировать судоходство у южной оконечности Индии. Их присутствие еще восточнее, на Малакке, закрывало путь в Китай любому дерзкому европейцу, который осмелился бы заплыть так далеко. Наконец, в самом Китае Макао служил перевалочным пунктом для торговли со всей этой огромной страной. Многие из этих баз были захвачены силой. В других местах, например в Макао, португальцы получали разрешение на поселение, так как местные или центральные власти хотели торговать с ними. Но даже в тех местах, которые изначально были взяты силой оружия, португальцев интересовала в первую очередь торговля, а не завоевания, поэтому они избегали любых конфликтов, которые могли бы нарушить торговые связи.
Король Португалии Жуан III, услышав о достоинствах недавно созданного ордена иезуитов, попросил отправить на Восток шестерых монахов. Основатель ордена Лойола смог выделить только двух. Одним из них был Франциск Ксавье. Узнав о поручении, он едва успел заштопать сутану и сразу отправился в Лиссабон. Там иезуиты произвели такое впечатление на короля и на двор, что одного из них оставили в Португалии, и миссионером на Восток поехал только Франциск Ксавье.
В мае 1542 года после путешествия, продолжавшегося больше года, Ксавье прибыл в Гоа, оперативный центр португальцев на Востоке. Его возмутил образ жизни португальцев, но скоро он понял, что все его увещевания напрасны. Тогда он прибегнул к уловке, которую будет использовать и в дальнейшем. Он ходил по улицам с колокольчиком, приглашая детей пойти с ним в церковь, где учил их катехизису и нравственным принципам церкви. Затем он отправлял их домой и просил поделиться полученными знаниями сродителями. Постепенно Ксавье завоевал уважение взрослых, которые начали приходить на его проповеди. За этим следовали сцены массового покаяния, напоминавшие Флоренцию во времена Савонаролы.