Первое издание "Наставлений" – книга объемом в 516 страниц – вышло в Базеле в 1536 году. Формат книги был небольшим, и она легко умещалась, как тогда было принято, в просторных карманах, что давало возможность тайно распространять ее во Франции. Она состояла всего из шести глав. В первых четырех рассматривались вопросы о законе, символе веры, молитве Господней и таинствах. В двух последних, более полемичных по тону, излагалось протестантское отношение к "ложным таинствам" Рима и христианской свободе.
Книга сразу завоевала необычайный успех. Первое издание, вышедшее на латинском языке, благодаря чему это сочинение можно было читать в разных странах, разошлось за девять месяцев. В дальнейшем Кальвин продолжил работу над последующими изданиями "Наставлений", и год за годом объем книги увеличивался. Росту объема способствовали споры по разным вопросам, возникавшие в то время, высказывание различными группами точек зрения, которые Кальвин считал ошибочными, и практические потребности церкви; поэтому, чтобы получить представление о развитии богословской мысли Кальвина и его участии в разного рода дискуссиях, достаточно сравнить между собой разные издания "Наставлений".
Следующее издание, также на латинском языке, вышло в Страсбурге в 1539 году. В 1541 году Кальвин опубликовал в Женеве первое издание на французском языке, ставшее классикой французской литературы. Последующие издания были "парными" и с выходом французского издания сразу же вслед за латинским: в 1543 и 1545 годах, в 1550 и 1551 годах, в 1559 и 1560 годах. Последними при жизни Кальвина вышли латинское и французское издания 1559 и 1560 годов, поэтому они считаются окончательным вариантом "Наставлений".
Окончательный вариант резко отличается от небольшого пособия по христианской вере, опубликованного Кальвином в 1536 году, – шесть глав первого издания превратились в четыре тома с восемнадцатью в общей сложности главами. Первый том посвящен Богу и откровению, а также творению и природе человека. Во втором томе исследуется вопрос о Боге как Искупителе и о том, как это раскрывается нам сначала в Ветхом Завете, а затем во Христе. В третьем томе показывается, как через Духа мы можем соучаствовать в благодати Иисуса Христа и какие это производит плоды. Наконец, в четвертом томе рассматриваются "внешние средства" этого участия, то есть церковь и таинства. Работа в целом свидетельствует о глубоком знании не только Писания, но и древней христианской литературы, в частности трудов Августина, а также сути богословских споров XVI века. Нет сомнений, что она стала высшим достижением протестантского систематического богословия эпохи Реформации.
Кальвин не намеревался вести бурную деятельность, подобно многим протестантам, ставшим лидерами Реформации в разных частях Европы. Он уважал их и даже восхищался ими, но был убежден, что у него призвание не пастыря или вожака, но скорее исследователя и писателя. После краткого посещения Феррары, а затем Франции он решил обосноваться в Страсбурге, где протестантизм одерживал победу, а оживленная богословская и литературная жизнь создавала благоприятные условия для дела, которому он решил посвятить себя.
Но прямой путь в Страсбург был закрыт из-за военных действий, и Кальвину пришлось сделать крюк через Женеву. Обстановка там была сложной. Незадолго до этого протестантский город Берн отправил в Женеву своих протестантских проповедников. Они добились поддержки со стороны небольшого сплоченного ядра прихожан и могущественного крыла буржуазии, выступавшего против ряда экономических и политических ограничений, отмены которых можно было добиться благодаря разрыву с Римом. Духовенство, которому не хватало образования, а еще больше убежденности, просто подчинилось постановлению городского совета Женевы, согласно которому месса отменялась и город становился протестантским. Все это произошло за несколько месяцев до приезда Кальвина в Женеву, и проповедники из Берна, которых возглавлял Гийом Фарель, оказались у руля религиозной жизни города и крайне нуждались в помощниках.