Прошло два месяца. 4 июля в Киев приезжает Петр I, а Меншиков направляется на запад, откуда сообщает царю о необходимости укрепления обороноспособности города. На что последовал незамедлительный ответ: «О Печерской фортеции зело изрядно, разве что для этого дела гетмана со всеми взять сюда. Без них ничего не получится, а в Василькове стоять, чаю немного в них дела. Если он не нужен тотчас за ним пошлю и делать начнем».
Поэтому Петр просит Мазепу прибыть в Киев для строительства. Осмотрев Киев, царь согласился с мнением инженеров. 15 августа 1706 года «Государь фортецию измерял и заложил». При отъезде царя из Киева Мазепа запросил от него инструкций о своем пребывании, а также и о крепости. Ответ был таков: «В первую очередь сделать всё для фортеции, а потом можно будет съездить в Батурин. Для распорядка Печерской фортеции оставить подполковника Гейсона».Крепость постоянно находилась под пристальным вниманием царя, писавшего 20 ноября 1706 года Ромодановскому: «В Киев в новопостроенную Успенскую крепость изволь взять 136 пушек у господина адмиралтейца в Воронеже, и чтобы у каждой пушки было по 150 ядер, и чтобы пороху было не скудно…»
Безусловно, государю при его активной деятельности и постоянных разъездах было сложно следить за всем, что происходило в его развивающейся и постоянно воюющей стране, поэтому все дела вели помощники. А он их подбирал весьма умело! Для каждого направления создавалась специальная управа. Определив в Киеве место, Петр поручил Мазепе следить за строительством. Более детальную работу проводили урядники под наблюдением гетмана, что приводило к некоторым недоразумениям между ними. Особенно это касалось возводящих крепость казаков, которые, несмотря на непогоду, оставались на рабочих местах. Это вызвало негодование Мазепы, писавшего царю, что измученные непосильным трудом казаки не смогут эффективно воевать.Можно понять гетмана, он выполнил приказ и послал людей на работы. Но что потом было с ними? Да и как за всем мог уследить Мазепа, учитывая его многочисленные обязанности? В ХVIII веке распорядители были пришлыми, они не беспокоились о каких-то казаках, тем более что урядники и инженеры сплошь были иноземцы. Вот и получалось, что на строительстве Печерской крепости, охраняющей самую главную православную святыню – монастырь, гибли украинцы. Вот и пишет Орлик Яворскому: «Полковники со старшиною своей часто к гетману приходили жаловаться, что приставы у фортификационного дела казаков палками по головам бьют и всякое поругание чинят
». И Мазепе не всегда удавалось приструнить царских урядников.Новый этап Северной войны стал неожиданным для московского царя. С началом 1707 года можно было ожидать очередного нападения Карла ХII. Нужно позаботиться о границах, указывает царь Апраксину, а также о состоянии и обустройстве укреплений. 17 января Петр пишет гетману: «Чтобы заранее к походу изготовиться и чтоб по самой первой траве в мае под Киевом стать, как для совершения начатой фортеции, а паче для обороны от неприятеля своего края. О нем сказано, что он намерен в первых числах мая идти к нашим краям, для чего надлежит в наших войсках приготовление иметь. Надобно знать, что войско малороссийское нерегулярное и в поле против неприятеля стать не может, для чего советую вам довольное число лопаток и заступов взять с собою, а также добрую полковую артиллерию, дабы возможно у Днепра, ежели неприятель будет, в удобных местах шанцами и окопами укрепиться и тем возбранить неприятелю ход в свою землю
».