Принципиальный вопрос о руководстве двумя вертикалями власти был решен за несколько дней. 14 марта Президиум ЦК КПСС предложил Маленкову самому определить круг своих полномочий в партийной или советской системе власти. Имея перед глазами примеры Ленина и Сталина, возглавлявших советскую вертикаль, он оставил за собой должность председателя правительства и освободил должность секретаря ЦК. Эта ошибка определила его дальнейшую судьбу. Ведь в созданной Лениным политической системе диктаторскими полномочиями обладала партия. Являясь основателем партии и государства, Ленин не имел конкурентов в партийном аппарате и мог себе позволить возглавить советскую вертикаль. Сталин возглавил ее, когда получил контроль над Секретариатом ЦК и аппаратом государственной безопасности. Тем временем Маленков, оставляя партийный аппарат, освободил место для Хрущева. Полностью предсказуемый сентябрьский (1953) Пленум ЦК КПСС, учитывая руководящую роль Хрущева в Секретариате, назначил его на должность первого секретаря.
Нужно заметить, что компартийно-советский аппарат в лице его руководителей уже на первом совместном заседании высших органов власти определился с тройкой особо влиятельных в составе десятки, поскольку последним пунктом постановления про разделения полномочий было поручение Маленкову, Берии и Хрущеву
Подчинив себе карательные органы, Берия надеялся использовать их для получения единоличной власти. Он первым проявил инициативу в деле десталинизации страны, то есть отказа от массовых репрессий как основной формы государственного управления. 13 марта министр создал следственные группы для пересмотра уголовных дел, возбужденных под диктовку Сталина его предшественниками в МГБ и МВД. Это особенно встревожило Маленкова, который в послевоенные годы лично координировал репрессивную политику Сталина. Найдя общий язык с Хрущевым, он стал готовиться к обезвреживанию руководителя МВД. Группа армейских генералов во главе с популярным в народе маршалом Жуковым арестовала Берию на заседании президиума ЦК 26 июня 1953 года.
В начале июля состоялся Пленум ЦК КПСС повесткой «О преступной антипартийной и антисоветской деятельности Берии». Так бывший могущественный министр выпал из кремлевской десятки. Пропагандистский аппарат с тех пор годами демонизировал его, обвиняя в совершенных и надуманных преступлениях. Однако интеллектуалов, способных критически воспринимать действительность, беспокоило совсем другое. В июле 1953-го службы МВД проанализировали реакцию общественности на арест Берии при помощи своих информаторов. Любопытной оказалась реакция известного актера, ученого-библиографа и уникального библиофила Николая Смирнова-Сокольского:
После устранения Берии ведущие позиции в коллективном руководстве остались за Хрущевым и Маленковым. Последний решил продолжить курс на десталинизацию, начатый Берией, первым поддержал решение о снижении непосильных налогов на крестьян, высказался за ускоренное развитие легкой и пищевой промышленности по сравнению с тяжелой, чтобы повысить материальный уровень жизни населения. Выступая в августе 1953 года в Верховном Совете, Маленков впервые в контексте международной политики Кремля применил слово «разрядка». В марте 1954-го он же высказался за прекращение холодной войны, которая приняла угрожающий характер.