Вначале правительственные силы были слишком слабы и постоянно терпели поражения от восставших. Опасаясь вступить с тайпинами в решающее сражение, цинские армии следовали за ними на почтительном расстоянии. После того как тайпины осели в Нанкине, правительственные войска создали два укрепленных лагеря на подступах к городу, накапливая силы и готовясь к решительному сражению, которое должно было привести к перелому в военных действиях. Однако этот перелом был связан не столько с активностью войск центрального правительства, сколько с формированием новых вооруженных сил, находившихся под контролем китайских чиновников-военачальников и созданных на основе отрядов ополчения могущественных кланов в тех районах, по которым прокатились волны тайпинского нашествия. Первыми такими соединениями были отряды «хунаньских молодцов», сформированные по разрешению цинского правительства видным чиновником хунаньского происхождения Цзэн Гофанем (1811—1872). Первые победы над тайпинами принадлежали именной хунаньской армии.
Создание китайских армий, находившихся под контролем именно китайских, а не маньчжурских военачальников, означало очень многое с точки зрения будущности тайпинского государства. Местная китайская элита, представленная могущественными кланами и связанным с ними чиновничеством, предпочла оказать поддержку маньчжурской династии, а не тайпинам, разрыв которых с общественными устоями конфуцианской государственности, как: мы уже говорили, оказался слишком радикальным.
Складывание региональных военных формирований, находившихся под номинальным контролем центра, имело и еще одно весьма важное для будущего политического развития Китая последствие: тем самым были заложены ростки явления, которое в китаеведческой литературе принято называть «региональным милитаризмом». Суть его состояла в том, что ослабленная развивавшимся династийным кризисом, внутренними смутами и внешними вторжениями императорская власть была уже не способна удерживать страну в рамках системы централизованного контроля. Влиятельные местные чиновники, подчинившие себе многочисленные вооруженные формирования, созданные первоначально для борьбы с тайпинами, превращались в силу, политически весьма независимую от пекинских властей. Этот процесс имел и другую сторону — «региональными милитаристами» были не маньчжуры, а представители китайской по своему происхождению чиновничьей элиты. В этом находило выход ее стремление к социальному самоутверждению, и маньчжурская правящая группа, желавшая продолжения своего правления в Китае, вынуждена была с этим смириться.
Между тем, превратившись во властителей Нанкина и территории площадью примерно 50 на 100 км вокруг него, тайпинские правители все более утрачивали облик аскетических руководителей народного движения. Содержание кладовых использовалось для строительства роскошных дворцов, содержания многочисленной челяди и гаремов. Уравнительные принципы, не забытые окончательно, были оставлены исключительно для подданных.
Именно в Нанкине, положение в котором прочно контролировалось тайпинской администрацией и армией, повстанцы на практике попытались реализовать свое видение общества «всеобщей гармонии». Городское население делилось на мужскую и женскую общины, отношения между которыми были ограничены; последние в свою очередь делились на объединения по профессиональному признаку. Ткачи изготавливали ткани, женщины-швеи шили из них одежду, оружейники делали доспехи и мечи, а гончары — посуду для дворцов тайпинских правителей. Деньги в этом царстве уравнительного коммунизма были отменены, и каждый мог, по крайней мере, рассчитывать, что его нужды будут удовлетворены из общественных кладовых. Однако эта система, введенная в практику общественной жизни в Нанкине, просуществовала недолго и была отменена в результате протестов И недовольства горожан.
За этими мерами, принятыми тайпинами, стояло не только стремление на практике осуществить идеи примитивного социализма, весьма распространенные в традиционных обществах различных типов и питавшиеся идеологией сельских и городских низов, но и желание утвердить модель восточного деспотизма в ее наиболее чистом виде — так, как она была описана в древних трактатах.