Потратив пять дней на распоряжения о возведении новых укреплений, которым назначалось сделать Антверпен неприступным, Наполеон приказал флоту спуститься в Флиссинген, а тем временем отправился осматривать новые территории между Маасом и Ваалом и крепости Берген-оп-Зом, Бреду, Буа-ле-Дюк и Гертрёйденберг. Посетив пограничные крепости и побывав на островах Толен, Схаувен, Южный и Северный Бевеланд и Валхерен, он решил оставить для их охраны только небольшие посты из отборных солдат, снабженных всеми необходимыми средствами обороны. Во Флиссингене он предписал возвести укрепления для ограждения гарнизона от обстрела с кораблей и для обстрела неприятельской эскадры, если таковая попытается пройти через большой проход. При виде развалин Флиссингена Наполеон воздал должное стойкости несчастного генерала Монне, павшего при обороне крепости, и распорядился о мерах по предотвращению подобного в будущем. Поскольку уже было подмечено, что люди зрелого возраста и те, кто привык к климату, менее подвержены лихорадке, чем молодые и вновь прибывшие, он приказал поручить охрану островов батальонам ветеранов и колониальным батальонам. Наполеон пожелал, чтобы флотилия канонерских лодок была навсегда приписана к флоту, а доки Флиссингена подготовлены к принятию двадцати больших линейных кораблей.
Пребывание Наполеона в этих пределах затянулось до 12 мая, после чего он поднялся по Шельде через Антверпен, показал свою жену Брюсселю, спустился в Гент и Брюгге, где распорядился о необходимых работах на левом берегу Шельды, и отправился в Остенде, откуда англичане, в случае высадки, могли двинуться прямо на Антверпен. Наполеон распорядился снабдить крепость достаточно мощными укреплениями и отбыл в Дюнкерк. Там он предписал произвести ремонтные работы, наказал офицеров инженерной части, уличенных в лени, посетил Булонский лагерь и провел несколько смотров, дабы внушить тревогу англичанам, отвел два дня на пребывание в Лилле и, наконец, прибыл в Гавр и распорядился о мерах по его обороне. К вечеру 1 июня Наполеон возвратился в Сен-Клу, удовлетворенный увиденным, отданными распоряжениями и оказанным императрице приемом.
Однако, несмотря на многочисленные поводы к удовлетворению, доставленные поездкой, он возвращался в глубоком раздражении, причиной которого был герцог Отрантский. Король Луи, как и просил Наполеон, истребовал у Лабушера документы, касавшиеся сообщения с Англией, и тот, чистосердечно полагая, что действует в соответствии с приказами герцога Отрантского, а следственно, и самого императора, без утайки предоставил всю свою переписку с Лондоном. Ознакомившись в дороге с документами, переданными братом, Наполеон убедился, что переговоры продолжались без его ведома и на основах, вовсе ему не подходящих. Документы не объясняли всего, что произошло, ибо в них недоставало переписки Уврара с Фуше, но как таковых их было достаточно, чтобы убедить Наполеона в том, что его воля нарушалась. Он заподозрил Фуше в причастности к этой странной интриге и решил немедленно потребовать у него объяснений.
Прямо на следующий же после прибытия день, 2 июня, Наполеон созвал министров в Сен-Клу. Присутствовал и Фуше. Без всяких предисловий Наполеон потребовал у него отчета на предмет поездок Уврара в Голландию и переговоров с Англией, продолжавшихся, по всей видимости, без ведома правительства. Он требовал, чтобы Фуше ответил, известно ли ему что-либо об этом странном деле, посылал ли он Уврара в Амстердам и был ли посвящен в эти неслыханные маневры. Фуше, собиравшийся рассказать императору о своей дерзкой затее позднее, застигнутый врасплох внезапным разоблачением и засыпанный в упор неудобными вопросами, бормотал невнятные извинения за Уврара, уверяя, что не стоит опасаться демаршей этого интригана, который любит во все вмешиваться. Наполеон не поддался на его доводы. «Переговоры с вражеской страной без ведома государя и на условиях, государю неизвестных и, вероятно, для него неприемлемых, – это не мелкие интрижки, которыми можно пренебречь, а неслыханное преступление, недопустимое и при самом слабом правительстве!» Наполеон добавил, что считает случившееся чрезвычайно опасным и требует немедленного ареста Уврара. Напрасно Фуше, опасавшийся, что в результате ареста Уврара всё раскроется, пытался успокоить гнев Наполеона: ему удалось лишь рассердить его еще больше, укрепив подозрения на свой собственный счет. Наполеон, заранее предрешив арест Уврара, поостерегся поручать его Фуше, из страха, что тот даст Уврару ускользнуть, и тотчас поручил арест своему адъютанту Савари (герцогу Ровиго), облеченному всецелым его доверием. Через несколько часов Уврар был арестован, а все его бумаги конфискованы. Первое же знакомство с ними убеждало, что на деле переговоры зашли еще дальше, чем изначально предполагалось, и Фуше был по меньшей мере наполовину замешан в эту необычайную интригу.