Занимаясь морскими позициями в Италии, Наполеон вновь поторопил Португальскую экспедицию. Номинальная численность солдат из лагерей Сен-Ло, Понтиви и Наполеона, объединенных в Байонне под командованием генерала Жюно, составляла 26 тысяч человек, действительная численность – 23 тысячи, в том числе 2 тысячи конников и 36 орудий. На соединение с ними уже выдвигалось подкрепление в 3–4 тысячи человек. Двенадцатого октября, на следующий день после подписания конвенции с Австрией, Наполеон приказал генералу Жюно перейти границу Испании, удовольствовавшись простым уведомлением Мадрида о прохождении французских войск. Он предписал ему следовать через Бургос, Вальядолид, Саламанку, Сьюдад-Родриго, Алькантару и далее – правым берегом Тахо до Лиссабона, наказав двигаться как можно быстрее. Испания обещала присоединить к французским войскам свои собственные – для содействия экспедиции и для участия в разделе добычи. Однако, не полагаясь ни на Испанию, ни на ее войска, Наполеон подготовил вторую армию на случай, если Португалия окажет некоторое сопротивление, или, что было более вероятно, если Англия пришлет к устью Тахо силы, вернувшиеся из Копенгагенской экспедиции. В каждом из пяти резервных легионов, сменивших охранявшие побережье лагеря, уже были снаряжены по два-три батальона. Наполеон приказал собрать их в Байонне, сформировать из них три дивизии и доукомплектовать двумя батальонами Парижской гвардии, четырьмя швейцарскими батальонами из Ренна, Булони и Марселя, третьим батальоном 5-го легкого из Шербура и первым батальоном 47-го линейного из Гренобля. Всем этим частям предстояло оставить расположения и к концу ноября прибыть, в сопровождении 40 орудий и нескольких сотен конников, в Байонну, где из них формировался корпус в 23–24 тысячи человек. Командование корпусом Наполеон поручил генералу Дюпону, одному из выдающихся дивизионных генералов того времени, которому назначалось вскоре сделаться маршалом.
Какой бы серьезный оборот ни приняли события в Португалии, этой второй армии для поддержки армии Жюно было достаточно. Она получила название Второго наблюдательного корпуса Жиронды, поскольку армия Жюно уже получила название Первого. Обеим армиям недоставало только кавалерии. Наполеон призвал бригаду в 1000 гусар из Компьеня, бригаду в 1200 егерей из Шартра, бригаду в 1500 драгун из Орлеана и бригаду в 1400 кирасир из Тура, что составило в целом 5000 всадников. Этих сил было вполне достаточно для гористых стран, в которых предстояло действовать обеим армиям. Хотя солдаты эти были молоды, Наполеон счел их способными противостоять британским войскам и более чем достаточными для победы над армиями южан, которых он не принимал тогда всерьез.
Итак, всё было готово к захвату Португалии помимо обещанной Испанией помощи. Лиссабонский двор прислал такой ответ, какого и ждал Наполеон и какой ему был нужен после копенгагенских событий, чтобы приступить к беспощадным действиям. Принц-регент Португалии, зять короля и королевы Испании, как и они, по семейной традиции и по личной склонности питал слабость к Англии. Уведомленный Лимой, своим послом в Париже, и Рейневалем, поверенным в делах Франции в Лиссабоне, о категорических требованиях Наполеона, принц-регент [Жуан VI] условился с британским правительством о том, какой линии поведения он станет придерживаться, чтобы избавить себя от вторжения французской армии и нанести как можно меньший урон интересам Англии. Через лорда Стрэнгфорда он договорился с Каннингом, что для видимости уступит требованию Франции исключить британский флаг и даже, если придется, притворно объявит войну Англии, но откажется принимать меры против английских негоциантов и их собственности. Дав такой ответ, принц-регент надеялся, что Франция им удовлетворится. В случае же отказа Франции, лиссабонский двор был готов скорее пойти на крайние меры, но не на борьбу с французскими войсками (он был неспособен на такое благородное отчаяние), а на бегство за море.