Во главе нового прояпонского кабинета был поставлен Пак Чесун. 31 января 1906 г. официально закрылась японская дипломатическая миссия, вместо которой с 1 февраля стало работать Управление генерального резидента сначала во главе с бывшим посланником Японии в Корее Хасегава Ёсимити (1850-1926), а затем — Ито Хиробуми. В провинции вместо японских консульств учреждались Управления провинциальных резидентов, которые имели фактически те же права, что и генеральный резидент. Сохранившиеся должности корейских губернаторов провинций стали во многом номинальными.
В стране была реорганизована судебная система. Во всех столичных и местных судах присутствовали японские советники. В 1906 г. в Сеуле был создан новый верховный суд, подконтрольный японцам. Несмотря на наличие корейской полиции, был введен институт японской жандармерии, созданный формально для «защиты японских граждан», а реально —для «поддержания порядка» в стране. В самой корейской полиции также появились японские советники.
Таким образом, в первые годы после объявления протектората японцы сосредоточили основное внимание на реорганизации силовых структур для того, чтобы обеспечить в стране должный порядок и дисциплину, необходимые для дальнейшего «перекраивания» Кореи по удобному для японцев образцу, а также создать силу, которая могла бы противодействовать как оппозиционным корейским движениям, так и прямым вооруженным антияпонским выступлениям, имевшим место еще до установления японского протектората.
Второй этап японского протектората, характеризовавшийся большим ужесточением японской политики, начался в 1907 г., после летних событий, когда Император Кочжон, несогласный с подчинением Кореи Японии, но не имевший возможности оказать Японии прямого сопротивления, попытался воспользоваться помощью внешних сил.
В июне 1907 г. в Гааге должна была открыться конференция по вопросам мира и сокращения вооружений, в которой планировалось участие представителей более чем 40 стран мира. Император Кочжон решил втайне отправить туда корейскую делегацию во главе с Ли Сан-солем (1870-1917) с обращением к мировому сообществу помочь Корее вернуть свою независимость. Делегация, сопровождавшаяся американским миссионером X. Б. Халбертом
[238], отправилась в Нидерланды через Петербург, надеясь получить поддержку Императора Николая II, бывшего инициатором конференции. В Петербурге к делегации присоединился Ли Вичжон (?), сын бывшего корейского посланника в России Ли Вомчжина, не подчинившегося приказу о возвращении в Корею. Несмотря на то, что на конференции председательствовала Россия, под давлением Японии и Англии корейскую делегацию не допустили к участию, и ей удалось выступить только перед журналистами.Вскоре об этом событии стало известно в Сеуле. Хотя Император Кочжон не признал своего участия в отправке делегации в Гаагу, под давлением японцев 19 июля 1907 г. он был вынужден отказаться от престола в пользу сына, получившего впоследствии храмовое имя Сунчжон (годы жизни: 1874-1926), которого возвели на престол уже на следующий день. Девиз правления был изменен на «процветание и слава»
Через несколько дней после вступления нового Императора на престол, 24 июля 1907 г., с его санкции новый глава кабинета Ли Ванъён в доме генерального резидента Ито Хиробуми подписал еще один «Корейско-японский новый договор о сотрудничестве»