Такого успеха на Востоке не добивался ни Фридрих Барбаросса, ни фанат Крестовых походов папа Иннокентий III. Своими дипломатическими действиями, умением договариваться и находить компромиссы Фридрих II получил то, к чему христиане не могли прийти почти полвека. И это по достоинству оценили те, кто не вмешивался в разногласия императора с папой. Однако поддерживающие позицию понтифика подняли крики о том, что договор с вражеским султаном – это прямая измена христианству. Более всего усердствовали в напрасных наветах на императора патриарх иерусалимский Герольд, а также многие титулованные члены орденов госпитальеров и тамплиеров. Хотя, казалось бы, кому как не им знать и понимать цену такой победы, сохранившей жизни тысячам солдат. Но они не хотели признавать Яффский договор, ставили под сомнение возможность возвращения Иерусалима от египетского султана без согласия правителя Дамаска, которому была подчинена Палестина.
Таким образом, к великому и радостному событию возвращения святых мест христианам прилагалась изрядная ложка дегтя. В марте 1229 года император со своей свитой и сопровождавшими его рыцарями торжественно вступил в город. Но отлучение от церкви не позволяло ему провести коронацию в церкви Святого Гроба Господня, согласно принятому обряду. И Фридрих, в прямом смысле не церемонясь, без церковных ритуалов, просто взял с алтаря корону и водрузил ее себе на голову. Затем новый король зачитал манифест о том, что Иерусалим вновь принадлежит верующим в Христа. Единственный, кто при этом представлял местную и церковную власти, был дружественный императору великий магистр Тевтонского ордена Герман фон Зальца.
Вскоре в город прибыл посланник патриарха Герольда архиепископ Петр Цезарейский. Он известил императора, что за пособничество мусульманам и самовольную коронацию на Иерусалим накладывается интердикт, то есть вводится запрет на совершение богослужения в святых местах. Действовать он будет до тех пор, пока город не покинет отлученный от церкви император. Фридрих в это время вел переговоры о возможности восстановления крепостных стен Святого града, что не позволялось делать по договору. Возмущенный неблагодарностью патриарха, он покинул столицу и снова двинулся в Яффу. По пути император попытался овладеть замком Атлит. Построенный в 1218 году между Яффой и Хайфой, он, единственный из крупных тамплиерских крепостей, ни разу не был покорен сарацинами. Походя не удалось это сделать и Фридриху. Храмовники ответили ему, что, «если он не уберется, они отправят его туда, откуда он не возвратится больше». Торопясь, император не стал затевать долгой осады и продолжил путь…
В Акре он до смерти напугал патриарха, окружив его резиденцию, а также повел атаки на казармы тамплиеров. Но из Италии поступили неприятные известия о мятеже гвельфов, о том, что папа своей волей освободил от присяги императору его подданных, а в Сицилийское королевство вошли (не без помощи предстоятеля церкви) войска Иоанна де Бриенна. Такого коварства с честью послуживший крестоносной идее Фридрих не мог стерпеть и спешно засобирался домой.
Патриарх Герольд и тамплиеры стали переманивать к себе немецких рыцарей для защиты Святой земли. Но Фридрих не пожелал отдать им ни одного воина. Он выставил отряды арбалетчиков у ворот Акры, которым было приказано выпускать только тамплиеров и стрелять по другим воинам, если они попытаются уйти. Герольд провозгласил всеобщее отлучение от церкви сторонников императора. Но тот покинул свое новое королевство, забрав даже катапульты и камнеметы, защищавшие Акру. Часть из них он отправил «своему доброму другу» султану Египта, чтобы больше досадить патриарху. Гарнизоны были оставлены только в целиком подвластных императору городах Иерусалимского королевства.
1 мая 1229 года Фридрих отплыл в сторону Апеннинского полуострова. Высадившись с войском в Бриндизи, он не замедлил вернуть к повиновению крамольные города и разгромил несколько папских отрядов. Видимо, присутствие в Италии и решительные действия императора остудили многие «горячие головы». Теперь уже папа стал терять своих сторонников. Его призывы к пастве восстать против врага веры и церкви звучали напрасно, папа не получил поддержки. 23 июня 1230 года в Сан-Джермано между принципиальными противниками был заключен мир. Григорий IX снимал с Фридриха отлучение от церкви и отдавал должное его заслугам в крестовом движении. Уже хорошо знавший пользу компромиссов император тоже сделал шаг навстречу – он отказался от своих последних завоеваний в римской области, а духовенству Сицилийского королевства предоставил полную свободу при выборах на епископские кафедры.