Сделаны были также на Лионском соборе несколько постановлений для воспрепятствования успехам ереси; но все это было не главной заботою Иннокентия. Из пяти великих скорбей, о которых он упоминал в своей речи, преследование Фридриха принимал он ближе всего к сердцу. Напрасно император обещал, через своих посланных, остановить вторжение монголов, восстановить в Греции владычество латинян и пойти самому в Святую землю; напрасно обещал он возвратить святому престолу все, что он у него отнял, и загладить свою вину перед церковью. Папа, имевший основания не доверять искренности его обещаний, был неумолим и не захотел отвратить «секиру, готовую поразить». Разбирательство дела Фридриха заняло несколько заседаний; наконец Иннокентий, как судья и владыка, произнес приговор: «Я – наместник Иисуса Христа; сообразно с обещанием Бога главе апостолов, все, что я свяжу на земле, будет связано на небесах. На этом основании, посоветовавшись с нашими братьями кардиналами и обсудив дело всем собором, я объявляю Фридриха виновным в святотатстве и ереси, в измене и клятвопреступлении; объявляю его отлученным от церкви и лишенным императорской власти; разрешаю навек от присяги всех тех, кто клялся ему в верности; запрещаю навсегда повиноваться ему – под угрозою отлучения от церкви за нарушение этого моего запрещения. Повелеваю, наконец, избирателям выбрать другого императора, а себе предоставляю право располагать троном Сицилии». Современный историк с точностью передает то глубокое впечатление, которое произвел на собрание приговор папы. Когда папа и епископы, держа свечи в руках, наклонили их к земле в знак проклятия и отлучения, все затрепетали, как будто бы сам Бог пришел судить живых и мертвых. Среди молчания, воцарившегося после этого в собрании, послышались вдруг слова послов Фридриха, внушенные им отчаянием: «Теперь еретики воспоют победу; хорезмийцы и татары воцарятся над миром». Совершив благодарственное молебствие и объявил распущение собора, папа удалился со словами: «Я исполнил мой долг, да совершится воля Божия!»
На этом Лионском соборе в первый раз кардиналы облеклись в красную одежду – символ их крови, всегда готовой излиться
За год до Лионского собора, в то время, когда Европа узнала об опустошениях, произведенных хорезмийцами в Палестине, Людовик IX, только что пережив тяжкую болезнь, пожелал возложить на себя знаки пилигримов. Чтобы придать более торжественности своему решению, он созвал в Париже парламент, в котором находились прелаты и знатнейшие люди королевства. После папского легата заговорил сам король Франции и представил баронам ужасное положение Святых мест. Он напоминал им о примере Людовика Младшего, Филиппа-Августа; он убеждал всех слушающих его воинов вооружиться на защиту славы Божией и славы французского имени на Востоке. Когда Людовик кончил свою речь, три его брата – Роберт граф Артуаский, герцоги Анжуйский и Пуатьерский – поспешили принять крест; королева Маргарита, графиня Артуаская и герцогиня Пуатьерская поклялись сопровождать своих супругов. Примеру короля и принцев последовала большая часть прелатов, присутствовавших в собрании. Между знатными владетелями, поклявшимися тогда идти биться с сарацинами, были Петр Дреский, герцоги Бретонский, граф де ла Марш, герцог Бургундский, Гуго Шатильонский, графы Суассонский, Блуаский, Ретельский, Монфорский, Вандомский. Между этими благородными крестоносцами история не может забыть верного Жуанвилля, имя которого останется навсегда нераздельным с именем Людовика Святого.
Между тем, решение короля вызвало глубокую печать среди его народа. Королева Бланка, говорит Жуанвилль, когда увидела сына своего в одежде крестоносца, была поражена трепетом, как будто бы увидела его мертвым. Без сомнения, и для Людовика IX горестно было расставаться со своею матерью, которой он никогда не покидал и которую он любил, по его собственному выражению, «превыше всех созданий». Не без великой скорби расставался он и со своим народом, который во время болезни его молился, чтобы отвлечь его от преддверия могилы, и который сокрушался теперь о его отъезде, как сокрушался прежде о его болезни. Он сам видел все опасности и осознавал все трудности, сопряженные с войной на Востоке; но он верил, что повинуется внушению свыше, и ничто не могло отклонить его от благочестивого намерения.