В Египетском султанате главным проповедником идеи джихада был религиозный мыслитель Ибн Таймийя (1263–1328). Он призывал вернуться к простоте понятий и практике раннего ислама и отбросить все неприемлемые новшества. Ибн Таймийя также учил, что борьба с христианами и откровенными еретиками — не единственная цель джихада, поскольку истинно благочестивые мусульмане обязаны оказывать сопротивление и власти тех правителей, которые на словах именуют себя мусульманами, но не придерживаются религиозных законов во всей их строгости. Самый большой грех, который может совершить мусульманин, — это отказаться от джихада: "Если некоторые из тех, кому было оказано доверие, — беспечны и расточительны, то они наносят огромный ущерб мусульманам, поскольку, таким образом, они причиняют великий вред как религиозным, так и мирским интересам мусульман, забывая о своем долге воевать за них". Однако в первой половине XIV века мамлюкские султаны интересовались главным образом возведением роскошных зданий и не менее роскошным придворным церемониалом, а вместо того чтобы расширять "территорию ислама", они совершали приносящие материальную выгоду набеги на Киликийскую Армению и христианскую Нубию. Что же касается Европы, то султаны и не думали переносить туда джихад; более того, они вели широкую торговлю с Венецией и Генуей.
В 1347 году из южнорусских степей в Египет и в Сирию пришла чума, и с тех пор эпидемии "черной смерти" прокатывались по землям мамлюков каждые пять-восемь лет. В результате этих эпидемий огромное количество людей умерло не только на территориях султаната, но и в тех русских степях, откуда импортировали молодых рабов-кипчаков. К концу XIV века цены на будущих мамлюков сильно выросли. Многие из них, однако, умирали от чумы еще до окончания военного обучения, и султаны, опасаясь сокращения численности войск, сокращали сроки обучения, что не могло не сказаться на качестве. Чума уносила все большее число людей, что, в свою очередь, уменьшало и доходы султана и его эмиров с сельского хозяйства. Нередко мамлюки бунтовали из-за невыплаты жалованья.
Крестовый поход кипрского короля Петра I и разграбление им Александрии в 1365 году (см. главы 11 и 12) нанесли сильный удар по престижу мамлюков. После этого нападения мамлюки на своих территориях стали арестовывать европейских купцов и облагать дополнительными налогами местных христиан; по приказу эмира Ялбуги аль-Хассаки был даже построен флот специально для ответного удара.
Но Ялбуга, управлявший делами Египта и Сирии именем несовершеннолетнего султана аль-Ашрафа Шабана, через год был убит, а среди новых политических деятелей не было уже желающих вести джихад, и в 1370 году был заключен мир с Кипром.
Начиная с 1360-х годов мамлюкские султаны стали покупать меньше кипчаков и больше» черкесов, поскольку большое число кипчаков умерли в своих степях от чумы, а многие из оставшихся в живых сами стали мусульманами, и потому, согласно правилам ислама, их уже нельзя было продавать в рабство. В 1382 году мамлюк черкесского происхождения Баркук узурпировал власть, и его правление (1382–1399) прошло под знаком беспорядков и борьбы черкесских и кипчакских мамлюков, которая продолжалась и при его сыне аль-Насире Фарадже (1399–1412). В 1400–1401 году, как раз в правление аль-Насира Фараджа, в Сирию вторгся турецко-монгольский вождь Тамерлан (Тимур), чуть было не покоривший весь мир, и разгромил Дамаск. Военное возрождение мамлюков началось при султане аль-Муайяде Шайхе (1412–1421) и достигло заметных успехов в правление аль-Ашрафа Барсбая (1422–1437).