Все надежды на возрождение крестоносного движения теперь возлагались только на Испанию. Союз Кастилии и Арагона оказался крепким, и эта новая сила начинала проводить экспансионистскую внешнюю политику, используя опыт Гранадской войны и то удачное сочетание религиозного рвения с патриотическим духом, которое помогло эту войну выиграть. Португалия тоже участвовала в крестоносном движении. Папский престол постоянно передавал в Испанию средства из церковных налогов и возобновлял
В этой ситуации казалось неизбежным, что руководимый папским престолом международный крестовый поход будет перекрыт национальным крестовым походом под управлением светского государя, по примеру испанских кампаний против мавров. Однако провозглашение в 1519 году Карла Испанского императором Священной Римской империи позволило на короткое время возродить старые традиции крестоносного движения. Карл V должен был одновременно обеспечивать интересы Кастилии в Северной Африке и выполнять императорские обязанности в центральной и восточной Европе. Последнее сначала означало помощь Венгрии, а после развала ее в 1526 году — защиту Германской империи от турок-османов. Поскольку император действовал в тесном (хотя и не без конфликтов) союзе с папой, а имперские территории были обширны и разнообразны, то временами казалось, что императорские крестовые походы, особенно спасение Вены в 1529 году и поход в Тунис в 1535, сродни славным походам XII и XIII веков. Себя же Карл видел как нового Барбароссу или Карла Великого. Празднование тунисской победы походило на триумф Рима над Карфагеном; Карл V хотел подчеркнуть преемственность своих действий от еще более древних традиций императорских войн. Но это были всего лишь иллюзии, поскольку Карл всегда защищал собственные земли или династические интересы, пользуясь собственной армией и средствами, хотя и принимая помощь папского престола. И даже тот факт, что войны Карла имели статус крестовых, требует оговорки: как указывали Франциск I и другие враги императора, они были «габсбургскими крестовыми походами» с вполне определенными целями.
В то время, когда Карл V шел на помощь Вене, западный христианский мир переживал конфессиональное разделение. В лютеранских, а позже и в кальвинистских государствах севера отрицание папского авторитета и таинства покаяния, которое лежало в основе крестовых индульгенций, привело к полному исчезновению крестоносного движения. Более того, мы можем говорить о том, что это было просто формальное признание давно свершившегося факта. Закрытие литовского фронта в начале столетия и провал всех планов общего похода против османов означали, что уже несколько поколений английских, нидерландских и немецких семей не имели непосредственного опыта крестовых походов, если, конечно, кто-то из них не вступал в орден святого Иоанна, не становился папским проповедником или сборщиком налогов или не отправлялся воевать в Гранаду, Венгрию или на Родос. Таких людей, впрочем, было не так уж и мало. Например, в 1464 году около двух тысяч бургундцев отправились воевать в крестовом походе Пия II, по дороге они остановились в Сеуте и помогли португальцам отбить атаку мавров. А в 1511 году тысяча пятьсот английских лучников были посланы Генрихом VIII в Кадис для участия в тунисской крестовой экспедиции короля Фердинанда. Но этих крестоносцев было явно недостаточно для поддержания традиции крестоносного движения, и оно перестало занимать заметное место в католической культуре.