Генуя не особенно стремилась приобретать земельные владения как таковые, ей нужны были места, где генуэзские купцы могли бы безопасно заниматься своим делом. Кафа находилась в их руках до 1475 года, Пера — до 1453, Фамагуста, которую они захватили в 1373 году, — до 1464. Генуэзцам приходилось очень активно соперничать с Венецией. Начиная с первых годов XIII века венецианцы господствовали в южных и западных водах Эгейского моря; Генуя же всеми силами стремилась установить свою гегемонию в водах восточных и северных. В 1260-х годах византийский император Михаил VIII даровал генуэзскому роду Заккария Фокею (город в Анатолии на западном побережье Малой Азии) и право на использование местных залежей полезных ископаемых. Члены семьи Заккария основали Новую Фокею, а в 1304 году Бенедетто Заккария занял близлежащий византийский остров Хиос. Правление его потомков на Хиосе продолжалось до захвата острова греками в 1329 году. Однако начиная с 1346 года Хиос и Фокея опять оказываются в руках генуэзцев.
Благодаря генуэзцам порт на Хиосе стал торговым центром. Но генуэзцы не собирались останавливаться на достигнутом. В первой половине XIV века их взоры обратились на расположенный к северу остров Лесбос, но этот остров попал в их руки только в 1354 году, когда его приобрел генуэзский авантюрист Франческо Гаттилузио, прославившийся своим участием в заговоре, лишившим трона императора Иоанна VI Кантакузина. Османы захватили Фокею и Новую Фокею в 1455 году, а в 1462 — Лесбос. Хиос, однако, оставался под властью Генуи вплоть до 1566 года.
После четвертого крестового похода Крит и портовые города Корон и Модон на юге Пелопоннеса оказались под властью венецианцев. Венецианское правительство поощряло отдельных представителей знатных венецианских семей, желавших захватить для собственного пользования небольшие острова в Эгейском море. Первыми и главными бенефициантами такой политики стали члены семейства Санудо — с начала XIII века под их властью находились острова Киклады и Спорады, они носили титул герцогов наксосских или герцогов Архипелага. В 1383 году герцогство это перешло в руки семейства Криспи. Другие венецианцы также приобретали маленькие острова и владели ими на правах вассалов герцогов Наксоса. Формально династия Санудо признавала сюзеренитет князей Ахайи и не зависела от Венеции, но венецианцам было очень выгодно, чтобы эти острова находились в руках их соотечественников, — это позволяло сохранять мир на подходах к Константинополю. Члены династии Санудо были умелыми и энергичными правителями, но даже им не удавалось полностью обезопасить острова от пиратских набегов и вылазок турок, занимавшихся работорговлей. Последние иногда увозили с маленьких островов чуть ли не все население, и власти были вынуждены завлекать новых поселенцев выгодными условиями жизни. Со временем острова превратились в пиратские базы, и общая неустойчивая военно-политическая ситуация усугублялась междоусобицами местных сеньоров.
К 1420-м годам герцоги наксосские уже платили дань османам, но герцогство, тем не менее, просуществовало еще довольно долго. Последний герцог был свергнут в 1566 году, и только в 1617 году эти маленькие острова окончательно подпали под прямое османское правление. Сама же Венеция удерживала острова Тенос и Китиру до XVIII века. В начале XIII века венецианцы воспользовались хаотической ситуацией в бывших византийских землях и установили промежуточные базы на путях в Константинополь и к Черному морю. Корон и Модон — «два глаза республики» на юго-западе Греции — служили портами захода на пути и р. Эгейское море, и в Левант. Негропонте (Эвбея), расположенный недалеко от Константинополя, был частью территории, переданной Венеции во время четвертого крестового похода, но в то время остров подпал под контроль трех ломбардских семейств, которые владели землями на правах венецианских вассалов. Только главный порт — город Негропонте — находился под прямым правлением Венеции, и постепенно к 1380-му году венецианцы подчинили себе весь остров. Негропонте был самой важной частью венецианских владений между Критом и Константинополем; в 1470 году он был завоеван турками.