Нам осталось обсудить еще две разновидности крестовых походов. Обе вызывали в те времена много споров, и эти споры продолжаются и сегодня. Первая — применение силы в Европе против политических противников папского престола. Вероятно, Иннокентий II первым объявил в 1135 году такой крестовый поход в процессе жестокой борьбы с норманнским королем Сицилии Рожером II Гвискаром. И хотя источники не дают совершенно ясной картины событий, можно предположить, что такая политика папского престола уходит корнями в священные войны реформистских пап конца XI века против своих противников, особенно против германского императора Генриха IV. Но как бы там ни было, первым таким настоящим крестовым походом стало выступление папы Иннокентия III в 1199 году против Маркварда Анвайлерского и его сторонников в Сицилии, противившихся политике, проводимой папским престолом в Италии. Вскоре последовали и другие «политические» крестовые походы. Например, в Англии в 1216–1217 годах был объявлен крестовый поход против английских бунтовщиков, вынудивших короля Иоанна Безземельного согласиться на Великую хартию вольностей, и против их французских союзников, которыми руководил принц Людовик, выбранный в 1215 году английским королем вместо Иоанна. Как и Сицилия, Англия к этому времени стала папским владением, а ее король — вассалом папского престола, что произошло в 1213 году после подчинения Иоанна Иннокентию III. Таким образом, крестовый поход в Англию был оправдан как действия против восставших подданных папского престола.
Но из всех этих «политических» крестовых походок самыми значительными по политическим последствиям были походы против императоров династии Гогенштауфенов в Италии и Германии. Для папы борьба с германским императором Фридрихом II имела огромное значение, и в 1239 году он объявил против него крестовый поход. К этому времени Фридрих владел Южной Италией и Сицилией, и ему удалось разбить сторонников папы в Северной Италии. К началу 1240 года он угрожал самому Риму. После смерти Фридриха II крестовые походы объявлялись против его наследников вплоть до 1268 года, то есть до тех пор, когда последний из Гогенштауфенов, Конрадин. был захвачен в плен и казнен.
1199–1240 годы были очень важными в истории крестоносного движения, поскольку именно в это время были разрешены все сомнения и высших кругах папского государства о применении силы против противников папского престола и о правомерности объявления «политических» крестовых походов. В этот же период возникли и крестовые походы против еретиков. Есть довольно убедительные доказательства того, что и эти походы были задуманы папой Иннокентием III еще до того, как он был вынужден в 1208 году объявить крестовый поход против сторонников ереси катаров в южной Франции, к тому времени уже основательно там обосновавшихся. Знаменитый Альбигойский крестовый поход, который не смог полностью искоренить ересь, но разрушил культурную, социальную и политическую структуру Лангедока, длился с перерывами двадцать лет. После этого похода вошло в практику объявлять крестовые походы и против других еретиков, например, против еретиков-штедингов в Германии (1232 год) и против боснийских еретиков (1227 и 1234 года).