В это время общее руководство над отрядом принял командир Хоперского полка майор Канивальский. С четырьмя сотнями хоперцев он так стремительно обрушился на главные силы неприятеля, увлекая за собой и другие части отряда, что горцы не выдержали этого натиска и обратились в бегство. Беспорядочное бегство черкесов дало казакам возможность отнять у них весь рогатый скот и большую часть плененного населения. Казаки преследовали бегущего неприятеля далеко в горы, а озлобленные черкесы все жгли и истребляли по пути, зверски убивая захваченных ими в плен русских женщин и детей.
Июль и август 1828 года прошли спокойно на Линии, хотя и носились слухи о подготовке горцами партий для новых нападений на русских. В октябре, по распоряжению генерала Емануеля, направлены были две экспедиции за Кубань — одна под начальством Антропова на Лабу против махошевцев, а другая, в составе четырех сотен Хоперского полка, под командой майора Канивальского, к р. Теберде против абазинцев. У последних в октябре было разрушено несколько аулов, захвачено несколько абазинцев в плен и 245 голов рогатого скота и освобождены из плена несколько солдат и казаков.
Участие карачаевцев в набегах на русские владения, укрывательство беглых кабардинцев и абреков, благодаря недоступности Карачая, привели генерала Емануеля к мысли о необходимости покорения карачаевцев.
Как видно из донесения этого генерала графам Паскевичу-Эриванскому, главнокомандующему особым Кавказским корпусом, Чернышеву, военному министру, и Дибичу, начальнику Главного военного штаба от 20 октября 1828 года, в этом году был покорен русскими властями Карачай. «Термопилы Северного Кавказа, — писал Емануель, — взяты нашими войсками и оплот Карачая, у подошвы Эльбруса, для всех горских народов, враждебных против России, помощью Божиею и храбростью войск, под личным моим предводительством разрушен».
Для покорения Карачая отряд был составлен из двух колонн. Первая колонна из 250 хоперцев, 120 донцов, 433 человек регулярной пехоты, при 4 орудиях, поручена была полковнику Луковкину. Второй, в составе 550 человек пехоты, 300 линейных и донских казаков, при 4 орудиях и 2 ручных мортирках, командовал г.-м. Турчанинов. При первой колонне находился сам Емануель.
Сражение, решившее судьбу карачаевцев, началось 20 октября в 7 часов утра и окончилось в 7 часов вечера. В течение 12 часов русскому отряду пришлось преодолеть невозможные трудности. Каждый шаг засевшие за утесами и скалами карачаевцы давали с бою. Особенно трудным оказалось овладеть главным перевалом в Карачай, так называемым «Ослиным Седлом». На протяжении двух-трех верст отряду пришлось преодолеть семь горных кряжей, и 6 часов сряду продолжался здесь упорный бой. Когда русские овладели последней высотой, наступили сумерки и вытесненные из неприступных позиций карачаевцы скрылись.
Потери с обеих сторон в этом сражении были громадны. У русских было убито 3 офицера и 41 нижних чинов, ранены майор Верзилин, впоследствии первый наказной атаман Кавказского казачьего линейного войска, 3 офицера и 116 нижних чинов. Потери карачаевцев не были приведены в известность, но были более значительны, чем у русских.
Благодаря этому решительному сражению, 21 октября русские войска заняли без боя главный аул карачаевцев Карт-юрт, а 22 октября повелитель Карачая Вали-Ислам-Крым-Шамхалов явился к генералу Емануелю с повинной. На следующий день, 23 октября, Вали со всеми старшинами и массой народа торжественно присягнул русскому Государю, а еще через день, 24 октября, русские войска двинулись обратно к местам своего расположения. В обеспечение верности русскому Престолу, карачаевцы выдали 3 аманатов из самых знатных карачаевских фамилий.
Для того чтобы ближе ознакомиться с карачаевскими порядками и условиями жизни этого народа, русское правительство послало в Карачай зауряд-хорунжего Ходжаева. Ходжаев обязан был проследить за тем, чтобы все карачаевцы приняли присягу, привести в известность количество похищенного карачаевцами скота и настоять на возвращении его. В инструкции Ходжаеву приказано было обращаться с карачаевцами кротко, а о недоразумениях доносить высшему начальству и не препятствовать разбирательству споров по шариату, за исключением столкновений между карачаевцами и русскими. Одновременно с Ходжаевым был отправлен на должность кадия эффенди Абдул из Бабукова аула, вместо беглого кабардинца эффенди Агуйе, которого карачаевцы обещали совсем изгнать из Карачая.
Покорение Карачая развязало руки русским войскам, которые свободнее можно было теперь двинуть против бесленеевцев, баракаевцев, абадзехов и др. враждебных России народностей.
В конце 1828 года в горы за Кубань был двинут сильный отряд под личным начальством командующего войсками на Кавказской линии и в Черномории генерала-от-кавалерии Емануеля. С 12 ноября и по 13 декабря, т. е. в течение месяца, отряд этот совершил с карательными целями ряд переходов по горам и горным речкам. В видах большого успеха отряд был разбит на три колонны.