На долю Николаева выпало проведение в жизнь крупного законодательного акта положения 1845 года о Кавказском казачьем линейном войске. Новым законом линейное войско было разделено на 17 полковых округов, а управление им разграничено было на военное и гражданское. Собственно местное управление составляли наказной атаман, войсковое дежурство, войсковое правление, бригадные управления, временные военно-ссудные комиссии, полковые и станичные управления и торговый словесный суд. В области хозяйственных нужд для войска имело большое значение войсковое правление; по отношению собственно к гражданскому управлению существенную роль играли, с одной стороны, бригадные и полковые управления, а с другой — станичные. Все эти учреждения связаны были между собой в порядке восходящих инстанций; низшую инстанцию составляли станичные управления, а высшую — войсковые. Посредствующие бригадные учреждения состояли из командира и его канцелярии, которой заправлял бригадный адъютант. В состав же полковых управлений входили председатель — полковой командир, и четыре или три заседателя, назначавшиеся исключительно из отставных офицеров. Следовательно, одному из главных органов казачьего управления — полковому, придан был коллегиальный характер. Но опять-таки и это была чисто внешняя черта. Настоящему казачьему укладу, как сложился он в других войсках, недоставало самого главного условия — выборного начала.
Только в низшей инстанции, в станичном управлении, было допущено частичное применение этого начала. Вместо единоличной власти станичного атамана, управлявшего станицей по собственному усмотрению, учреждены были станичные управления из станичного начальника, двух судей по выбору и двух писарей. Суть дела от этого, однако, мало менялась. Станичный атаман служил по назначению и не зависел от станичного общества. Подавляя своим положением и властью остальных членов правления, он являлся не только главным действующим лицом, но в большинстве случаев и самовластным распорядителем. Установившиеся порядки, державшиеся на двух началах военного режима — на приказании и повиновении, были еще живы и продолжали жить благодаря наличности суровых условий войны и военной обстановки.
А условия эти были крайне тяжелы и гнетущи. Гражданская жизнь еле тлела. Занятия хозяйством были сужены до невозможности. Все делалось по военному приказу и дисциплине. Малейшие уклонения от приказа и дисциплины строго карались. По общему правилу на ночь должны были собираться все жители в станицу. Ночевать вне ее, особенно одиночкам или небольшим группам хозяев, не дозволялось. Рано утром до рассвета из станицы выезжали конные казачьи разъезды и тщательно осматривали все прилегавшие к станице окрестности и укромные места, где могли прятаться горцы. Если в юрте станицы было благополучно и не было никаких указаний на близкое присутствие хищнических шаек горцев, то рабочему и нерабочему населению разрешалось ехать в поле на работы или другие станицы по своим нуждам.
Часто эти выезды сопровождались военным прикрытием. Во многих местах и во многих случаях работы в полях велись под прикрытием военных команд. Все лица мужского пола от 15 до 50 лет обязаны были работать с оружием под руками. К вечеру засветло жители должны были возвращаться в станицы. Только впоследствии, когда увеличилось казачье население и усилились полки, вошло в обыкновение ночевать в поле большими таборами, забаррикадировавши себя телегами и воловьими возами. Ночлег же одиночкам строго воспрещался, и нарушители этого правила подвергались телесным наказаниям.
Тем важнее, при таких условиях, было то заботливое отношение к казачьему населению, какое выказывал атаман Николаев. Кавказское линейное войско стало родным донскому генералу. Он любил его и привязался даже к месту своего постоянного жительства. Близ г. Ставрополя находится Михайловское селение. При Николаеве это была казачья станица, служившая любимым летним местопребыванием атамана. В случае смерти Николаев заранее распорядился, чтобы его похоронили в этой станице, и когда 18 февраля 1848 года он умер, воля его была исполнена: его похоронили в церкви станицы Михайловской.
При Николаеве была осуществлена крупная колонизационная мера — заселение Лабинской линии.