В самом деле, несмотря на могущество всесильного Потемкина, положение черноморцев за Бугом отличалось крайней неопределенностью. Не было ни надлежаще устроенного управления, ни заранее заведенных порядков, ни обеспечения населения землями. Черноморцы были во всем стеснены, и это стеснение прежде всего отражалось на формировании войска. 16 октября 1788 года войсковой атаман Чепига в прошении к князю Потемкину образно выразился: „Безгласный род войска верных казаков вопит о порабощении господами помещиками их жен и детей“. Порабощение это выразилось со стороны помещиков во всевозможных насилиях и издевательствах над казачьим населением. Так, 26 апреля 1789 года подпоручик Яновский донес войсковому судье Головатому, что, исполняя его поручения, пригласил было более 700 охотников, но дворянами заседатель новомосковского земского суда прапорщик Линев, спросивши Яновского, почему он вызывает охотников в войско, заявил ему, что наместник Коховской прислал поручика Туровского для представления его к наместнику. Сам Яновский настаивал на этом, но Линев вместо того собрал записавшихся на службу казаков, нанял музыкантов, велел им играть и, пустившись в пляску с Туровским, приказал плясать вместе с ними и казакам. Затем он отобрал у Яновского саблю, усадил его на подводу и отправил будто бы к наместнику. „Вот видите, — говорил он казакам, — что над Яновским сделано, то будет самое и вам, если пойдете в черноморцы“. В действительности, Яновский вместо наместника попал к екатеринославскому городничему Шостаку под присмотр, который и освободил его. Новомосковский исправник капитан Зеленский, по сообщению Яновского, арестовал и неизвестно куда за караулом отправил прапорщика Белого, старшину Грекова и казака Салотовку, а записавшихся в Черноморское войско казаков и всех, „кто только подбрился под чуприну“, велел сотским ловить. Исправник Зеленский также воротил из сотни более половины казаков, отправившихся уже было в поход, „держал их запертыми в тюрьме и в других людских пустых каморах и избах двое суток, а потом престарелых налочьем в одной рубашке, а прочих, раздевши голых, батожьем беспощадно наказывал“. Сообщая обо всех этих фактах графу Голенищеву-Кутузову, войсковой Кош указывал на то обстоятельство, что чинимые местными властями насилия не только разоряли население, но и мешали Кошу исполнить волю государыни о формировании войска.
Затем не было ни подлежащего управления, ни таких представителей его, которые могли бы защитить население от издевательств и насилий, о которых упомянуто выше. По традиции, без всякого обеспечения законом, в войске были войсковой атаман, судья и писарь, но в действия этих лиц вкрались уже такие приемы, которые были совершенно чужды истинно демократическому правлению запорожского казачества. Так, избранный войсковым писарем Подлесецкий был удален войском за плохое ведение дела, за издевательство над казаками, за подлог и взятки, так как Подлесецкий заменил список казаков, представленных к награде, списком лиц, совсем не бывших на службе.
Среди низших властей царили самые грубые нравы. 30 августа 1789 года атаман куреня Дядьковского Бойко привез ордер кошевого полковнику Давиду Белому и, не заставши его, передал полковому писарю, прапорщику Семену Бурносу, требуя от него прочтения ордера. Когда же Бурнос отказался читать без ведома полковника ордер, то Бойко „поднял самовольный бунт, вытащил Бурноса из палатки и бил его, сколько ему было угодно“.
Интереснее всего, что тот же полковник Давид Белый в рапорте от 30 апреля 1790 года охарактеризовал своего писаря Семена Бурноса как ужасного забияку и драчуна. По словам полковника, Бурнос напился пьян в Олеништах и начал отнимать у хорунжего молдаванина, которого он сопровождал. Когда же присутствующий при этом казачий есаул пытался не дать молдаванина, то Бурнос „три раза заихав есаула кулаком“. За есаула вступился хорунжий, но на хорунжем „он всю палку побив“. Его, полковника, писарь не слушался, не хотел писать бумаг и советовал нанять для того солдата. Белый жаловался, что он может только ругать писаря и не в силах его побить. Бурнос „выкликал даже его на поединок на шабли“, а при проезде в Белград он избил капитана ружьем, которое отнял у купцов.