В романе рассказывается, как тринадцати летняя Эмма Бовари, дочь процветающего фермера, училась в школе при женском монастыре, что в будущем в значительной степени определило ее взгляды на жизнь. Эмма обожала тайны, драму и символы монастыря. Ей очень нравилось великолепие витражей, вызывающий эротические ассоциации образ Христа как Жениха, аромат ладана, цветы на алтаре. А еще на нее оказала большое влияние периодически работавшая в монастыре белошвейкой пожилая дама, принадлежавшая к старинному дворянскому роду, разорившемуся во время Французской революции. Эта дама пела пансионеркам любовные песенки XVIII в., рассказывала разные истории о событиях того времени при дворе, сообщала новости и потихоньку давала читать старшим ученицам романы о любви, в которых были одни только любовницы и любовники, «сердечные тревоги, обеты, рыдания, слезы и поцелуи, лодки, озаренные лунным светом, пение соловьев в лесной чаще». Особенно волновали Эмму рассказы об аристократических героях, «храбрых, как львы, кротких, как агнцы, в высшей степени добродетельных, всегда безукоризненно одетых, готовых прослезиться по любому поводу». С таким же большим интересом и глубоким уважением Эмма относилась к французскому королю Людовику XIV и его фаворитке, Луизе де Лавапьер, а также к Элоизе, любовнице французского философа Абеляра, жившего в XII в.
Через несколько лет Эмма покинула монастырь и встретила своего будущего супруга – Шарля Бовари, врача, который в то время был несчастливо женат на престарелой вдове. Шарля очаровала одухотворенная девушка с глубоко посаженными карими глазами, которые безбоязненно выдерживали его взгляд, блестящими черными как вороново крыло волосами и фигурой, которая позже будет пленять и других мужчин. Он сразу же влюбился в нее, а когда его раздражительная и ревнивая супруга скончалась, попросил руки Эммы у ее отца и получил согласие.
Но брак уже с самого начала разочаровал Эмму. Она ждала от него романтической любви, о какой читала в книгах, однако Шарлю, хоть он ее обожал, было далеко до мужчины ее мечты. Это относилось и к интимной стороне их жизни; их первая брачная ночь наполнила его радостью, а Эмму не взволновала даже потеря невинности.
Будни сельской жизни, которые так нравились Шарлю, нагоняли на Эмму тоску и хандру. Она мечтала перебраться с мужем в какие-нибудь экзотические края, где можно дышать ароматами лимонных деревьев, где высятся крутые горы и шумят водопады и где у них с Шарлем разгорелась бы пламенная любовь, которая, как казалось Эмме, может существовать только в таких местах. Эмма пыталась читать стихи о любви при лунном свете, но ничего особенного после этого не происходило.
Неудовлетворенность Эммы нарастала. Она купила карту Парижа и стала предаваться мечтаниям. Ей очень хотелось отправиться в путешествие, вернуться в монастырь, умереть, жить в Париже. Эмма отчаянно желала обзавестись хоть какой-нибудь компанией – ведь за неимением наперсников она открывала душу своей левретке! Она была бы рада излить чувства, бередившие ей душу, даже «маятнику часов и дровам в камине».
В конце концов, озабоченный в поведении Эммы чередованием периодов взвинченности и отупения, Шарль решил переехать в другой город. Там Эмма родила дочь Берту. Отправив девочку жить к кормилице, Эмма стала невинно флиртовать с молодым помощником нотариуса, студентом Леоном.
Но через некоторое время Леон уехал в Париж, чтобы продолжать обучение. Вскоре Эмма приглянулась Родольфу Буланже – состоятельному землевладельцу, у которого было много романов и который считал ее обворожительной женщиной, «задыхающейся без любви, как рыба без воды на кухонном столе». Родольф не сомневался, что сможет обольстить ее, завлечь в постель и сделать своей любовницей. «Да, но как потом от нее отделаться?» – спрашивал он себя.
Как Родольф и предполагал, совратить Эмму ему не составило большого труда. Он отмел в сторону ее моральные возражения с помощью высокопарных рассуждений о банальности условностей и об их отличии от величия вечной морали, в соответствии с которой, по его словам, страсть является самым прекрасным чувством в мире. Вскоре, «пряча лицо, вся в слезах, она безвольно отдалась Родоп ьфу».
Потом Эмма радостно повторяла: «У меня есть любовник! У меня есть любовник!» Наконец-то она тоже являет собой образ влюбленной женщины, она стала сродни героиням книг, которые постоянно читала с того времени, когда жила в монастыре. «И долго сдерживаемая страсть забурлила радостным фонтаном. Эмма наслаждалась ею, не испытывая ни угрызений совести, ни тревоги, ни сожалений».
Тем не менее Эмма не могла сдержать охватившего ее безумного, неистового счастья. Она часто наведывалась к Родольфу, пока в один прекрасный день он не предупредил ее о том, что она рискует своей репутацией. На Эмму это не произвело никакого впечатления. Наоборот, она стала посещать его еще чаще и говорила с ним так нежно, что начала утомлять его своим щебетаньем.