В некоторых вопросах Роксолана могла бы понять обстановку, сложившуюся в императорском дворце. Например, на Цыси было оказано давление с тем, чтобы она предоставила двум принцам мечи санфан, даровав им таким образом право обезглавить любого человека, если они сочтут это нужным. Более умеренные придворные теперь имели все основания пристальнее следить за своими словами и действиями.
В 1898 г., стремясь противостоять грязным слухам, распространявшимся ее врагами, Цыси пошла на полный разрыв с традициями и пригласила во дворец на чай жен иностранных дипломатов. Ее гостьи нашли, что держится она по-дружески, проявляет любознательность, в ней не было и намека на жестокость, о которой они много слышали. К удивлению приглашенных, император тоже присутствовал на церемонии, хоть и не проявлял к гостьям большого интереса: он просто сидел там и беспрерывно курил.
В том же году в Китае вспыхнуло Боксерское восстание, направленное против иностранцев. Оскорбления христианских миссионеров, зачастую весьма невежественных, и принявших христианство китайцев перерастали в открытый террор. Потом, когда один молодой англичанин застрелил китайца, который на него накричал, разъяренная толпа китайцев сожгла пекинский ипподром, очень популярное среди иностранцев место. Повстанцы громили резиденции иностранных граждан и их церкви.
Когда Цыси вернулась во дворец, ее раздирали внутренние противоречия: она не знала, что делать – поддерживать восстание или подавлять его. Позже она вспоминала о том, что вопреки ее желанию поддерживавшие Боксерское восстание министры издали указ об убийстве всех иностранцев. В то же время иностранцы обвиняли ее в поддержке повстанцев и в том, что она посылала войска для предотвращения предпринимавшихся иностранцами военных попыток их разбить.
С 13 по 16 июня 1900 г. «боксеры» и их последователи разрушили и разграбили посольский квартал. Кроме того, они преследовали тех китайских торговцев, которые продавали свои товары иностранцам. Иностранцы и китайцы-христиане пытались найти убежище в храмах. Китайские слуги бежали от своих иностранных хозяев. В сельской местности «боксеры» перебили тысячи китайцев-христиан.
В этой напряженной ситуации германский посланник в Китае барон Клеменс Август Фрайхер фон Кеттелер приказал немецким морским пехотинцам расстрелять группу повстанцев. Цыси и Айсиньгёро Цзайтянь издали направленные против «боксеров» указы, запрещавшие убийства иностранцев и подстрекательство людей к убийству иностранцев. Тем не менее иностранцы продолжали погибать. Во время устроенной однажды резни были обезглавлены сорок пять миссионеров, которых сопровождали женщины и дети. На несколько дней их отрубленные головы были выставлены на всеобщее обозрение в укрепленной на стене клетке.
К 14 августа 1900 г. коалиционные войска подошли к Пекину, освободили иностранцев, разграбили город, а потом двинулись в направлении Летнего императорского дворца, куда бежали Цыси, император и многие придворные. По пути они перебили десятки тысяч китайцев, разорили и разграбили тысячи домов, а потом захватили Летний дворец, разрушив там буддистские храмы и статуи.
В новом дворце, где Цыси пыталась скрыться, она издала указ о наказании чиновников и представителей знати, которые подстрекали повстанцев. Двое из них были казнены. Потом они с императором и придворными вернулись в Запретный город. Иностранцы потребовали уплатить контрибуцию и продиктовали условия мирного договора. Цыси снова сосредоточила власть в своих руках, хотя и разделила бразды правления с племянником-императором. Вскоре она возобновила чаепития, на которые приглашали женщин-иностранок.
Когда Цыси было семьдесят лет, у нее случился удар, но вскоре императрица смогла вернуться к работе. 14 ноября 1908 г. постоянно недомогавший император Айсиньгёро Цзайтянь скончался. На следующий день умерла Цыси. Она слишком много работала, была до крайности измотана и болела гриппом. Маньчжурская династия пережила ее лишь на три года.
История сурово осудила Цыси. Многие современники видели в ней жестокого деспота. На деле же императрица стала жертвой собственной несостоятельности – отсутствия образования и недостатка опыта в том, что касается управления, придворных обычаев и процедур. Кроме того, она оказалась в зависимости от системы, заточившей ее в Запретном городе, где она не получала никакого представления о катастрофической ситуации в собственной стране. Помимо этого, личные качества мешали ей разумно и эффективно править государством. Постоянная потребность всем нравиться позволяла льстецам и подхалимам оказывать на нее большое влияние. Да и сама императрица нередко демонстрировала боязливость и нерешительность.