Незадолго до начала Великой Отечественной войны советская кавалерия пережила масштабное сокращение: из 32 дивизий осталось 13. В июне 1941 года численность лошадей в армии составляла 526 000 голов. Однако уже летом 1941 года началось формирование новых кавалерийских дивизий. В сентябре 1941 года конский состав Красной армии уже насчитывал 1 324 676 голов, и к концу года существовало уже 82 новые кавдивизии легкого типа. До войны и первые годы после нее в совхозах и колхозах существовал фонд лошадей для армейских нужд. Эти лошади были в хозяйствах на особом положении, за ними лучше ухаживали. В дальнейшем в отдельные периоды войны численность мобилизованных лошадей доходила до 2 миллионов голов. А всего со стороны СССР в войне было задействовано около 3 миллионов лошадей (причем более 300 000 голов передала Монголия); из них 1,9 миллиона служило в кавалерии.
В вооруженных силах антигитлеровской коалиции наблюдалась иная картина. Британская кавалерия к началу войны была расформирована, а у США оставался один конный полк, расквартированный на Филиппинах, французы влили кавалерийские подразделения в мобильные дивизии.
Как самостоятельный род войск кавалерия продолжала оставаться в вооруженных силах Италии, Польши, Румынии и Японии.
Воюющие стороны, как правило, уводили племенных лошадей с занятых ими территорий. После того как в 1939 году советские войска вступили на территорию Восточной Польши, часть арабского поголовья Янов-Подлясского завода отправили в Терский конный завод. Немцы, оккупировав Польшу, сделали попытку восстановить племенной состав Янов-Подлясского завода, собирая лошадей в ближайших к заводу крестьянских хозяйствах, но, как только началось советское наступление, угнали этих лошадей в Германию. Точно так же они поступили в 1943 году с лошадьми липицианской породы из Италии. Знаменитые жеребцы из Венской школы были вывезены в Германию уже в 1945 году, перед самым окончанием войны.
Война решительным образом сказалась на судьбе тракененской породы. Когда советские войска вошли в Восточную Пруссию, немецкое командование распорядилось вывезти с Тракененского завода несколько самых ценных жеребцов-производителей, а прочих племенных лошадей погнали своим ходом в потоке беженцев. В результате часть их оказалась на территории, оккупированной англичанами и американцами, а часть, в том числе тракененское маточное поголовье, досталась советским солдатам.
Этих лошадей отправили в конный завод имени Кирова, расположенный в Ростовской области. Существует версия, что сначала отечественные специалисты намеревались смешать тракенов с другими трофейными лошадьми и создать таким образом новую породу; для нее даже придумали название — кировская. Однако от этой идеи вскоре отказались и перешли на чистопородное разведение, причем курировали этот процесс профессор Витт и лично маршал Буденный. В СССР тракенов использовали в пограничных войсках, в кавалерии, в спорте. Именно тракены русского разведения достигли серьезных успехов на спортивной арене, превзойдя своих собратьев из ФРГ, где после войны тракененскими стали считаться все лошади, чьи родители происходили из Восточной Пруссии. Тракененских жеребцов не хватало, и в племенной работе их заменяли чистокровными верховыми. Прилитие крови другой породы в таких масштабах привело к потере изначального типа.
Часть тракенов после войны попала в Польшу: например, четырнадцать лучших племенных кобыл советские власти передали полякам в качестве возмещения ущерба за вывезенных в 1939 году арабских лошадей польского разведения. Однако поляки никогда не ставили перед собой задачу чистопородного разведения тракенов. На основе двух ныне исчезнувших пород, познанской и мазурской, с добавлением крови тракенов, арабов, чистокровных верховых и ганноверанов они вывели великопольскую породу. В научной литературе ее относят к верхово-упряжным, то есть ее представители пригодны как для верховой езды, так и для работы в упряжи, в том числе для легких сельскохозяйственных работ.
В честь победы СССР в Великой Отечественной войне 24 июня 1945 года на Красной площади в Москве прошел парад. Все мы много раз видели эти кадры: как проходят войска народа-победителя, как на брусчатку падают поверженные немецкие знамена — и как принимающий парад маршал Г. К. Жуков вместе с генерал-майором П. П. Зеленским скачут легким галопом из Спасских ворот по красной дорожке и навстречу им на вороном коне выезжает командующий парадом маршал К. К. Рокоссовский.
Однако до сих пор нет точных сведений, кем был «конь Победы» — тот, верхом на котором Жуков принимал парад. Известно, что лошадей для парада подбирали в конюшне манежа Минобороны и Высшей офицерской кавалерийской школы. Для Зеленского выбрали терского Целебеса, а вот по поводу коня Жукова существует несколько разных версий. Ясно одно: он, как и конь Зеленского, серой масти.