В столице он был свидетелем произшествия, душу волнующего, дела страшного, необыкновенного — суда отцовского над сыном; суда над Царевичем Алексием Петровичем. Не здесь размышлять о причинах, побудивших Петра к этому подвигу; не здесь удивляться стойкости Самодержавного Брута, самоотверженности Русского Царя на пользу России. То не касается Историка Малороссии. Но как все верховные Чины, духовные и светские, судили Царевича, то Государь предложил Гетману и Старшинам участвовать в суде и подписать приговор. Скоропадский отвечал; не имею власти судить сына с Отцем и Государем своим; в подобном деле нельзя быть безпристрастным. — Слабый, немощный Гетман изъяснился бы иначе, — говорит ученый и трудолюбивый Бантыш-Каменский, — если б не находился при нем Муж твердый и словом и делом. — Он полагает, что те слова внушил Скоропадскому его спутник в столицу, Полуботок. Но для Истории это тайна; История не вправе догадываться, кто кому внушил слово благородное; и честь ответа вполне принадлежит одному Скоропадскому. Все Старшины пред Царем повторили его слова. Тогда же Государь потребовал Киевского Митрополита, Иоасафа Кроковского, для выслушания Духовного Регламента и подписки согласия. Митрополит, получив повеление, собрал духовный совет; слух пронесся что Государь намерен отобрать у духовенства недвижимость, и что оно останется частью на жаловании, частью на доброхотном подаянии. На совете приговорили не соглашаться и не подписывать. Чернец Свинского монастыря Ириней донес о соборе. Митрополит и Епископы были схвачены в Твери, на дороге в Петербург; сосланный в Тверский монастырь, Иоасаф скоро скончался, а первенство над Духовенством получил Кирилл Шумлянский, который подписал все, что ему было приказано.
«Воротившееся из Санкт-Петербурга духовенство, — говорит летопись, — а паче первенствующий между Архимандритами, Архимандрит Киевопечерский Иоаким Сенютович, поражены были страшным приключением, сочтенным от них за верный прогностик на перемену в монашестве. То был необыкновенный пожар в Киевопечерском монастыре, случившийся от недосмотра Наместника и приведший почти весь монастырь в пепел и развалины; при других драгоценностях церковных и монастырских, целыми веками собранных, неоцененною потерею считалась самая первая в России многочисленная и древнейшая Библиотека, собранная еще Великим Князем Ярославом Владимировичем и сбереженная в пещерах от всех прежде бывших нашествий неприятельских и разорений; но ныне, к стыду содержателей ее и к крайнему сожалению соотечественников, среди тишины, пламенем поглощенная. В ней содержались великие тысячи книг рукописных, драгоценных, на разных языках, и многие между ними на таких, которые и ученым тогдашним мужам сведомы не были, а особливо все записки и документы до Истории правления Славянских племен и Царств и до их законов и устройств касающиеся. Государь, при печальном извещении о такой важной потере, не мог удержаться от слез.»
В первых числах Августа, Гетман возвратился в Малороссию; скоро постигло ее прежних годов несчастие—мор. Сообщение с Заднеприем было прервано; старания и деятельность Миргородского Полковника остановили язву в начале; через месяц она утихла. Сжалясь над жителями, вместо шести драгунских полков Генерал-Майора Яковлева, Государь, во уважение просьб Гетмана и несчастий, самою природою ниспосланных на Украйну, велел вступить на зимовлю одному только драгунскому полку.
Наступило время благодарности Князя Меньшикова Скоропадскому. Он приехал осмотреть Почепщину.
Вот как описывает Конисский это произшествие: «Меньшиков, получа от Гетмана Почеп, увеличил собственною своею властию вдесятеро; под видом древнего уезда Почепского присоединил к Почепской волости сотни: Мглинскую Бакланьскую, часть Стародубской и Погарской, и занял все то своим ограничением и проведенною притом чрез иностранцев всемогущею Астролябиею, которой дотоле во всей Руси не бывало, и пред которою все было безмолвно, почитая направление ее и действие магнита — Божественным или магическим произведением. Вошедшие в то ограничение владельцы, чиновники и козаки с их крестьянами или посполитыми причислены к Почепу и обложены всеми повинностями посполитства тамошнего, считая всю Почепщину удельным Княжеством Меньшиковским; а разставленные во многих местах гербы Княжеские с титулами его, оканчивавшимися сими словами: и прочая, заставляли всех думать, что древние деления Руси на Княжества опять возникли. Между тем попавшиеся в сие химерическое Княжество владельцы и чиновники были пожалованы по волости Бургомистрами городскими и Войтами сельскими, и долго сносили иго сие, как оглушенные или обвороженные.»