У Ордена начались трудные времена. Еще в 1802 г. в Испании Карл IV упразднил четыре приората с конфискацией всего имущества. В 1806-1808 гг. были ликвидированы семь Великих Приорств в Германии и Италии: Венецианское, Ломбардское, Германское, Римское, Барлеттское и Баварское. Все они вместе с российским составляли Англо-Баварско-Российский "Язык" Ордена. В 1803-1810 гг. были ликвидированы приорства в России, в 1810-1812 гг. - в Пруссии. Были закрыты приорства в Мессине (1825 г.) и в Португалии в Крату (1834 г.). Везде при упразднении приорств имущество Ордена, как обычно, конфисковывалось хозяевами европейских престолов.
Некоторое время штаб-квартира Ордена находилась в Мессине (до 1825 г.), а затем в Катанье. В 1826 г. резиденция Мальтийского ордена была перенесена из Катаньи в Феррару. И, наконец, в 1834 г. Капитул Ордена переехал в Рим, в особняк на улице Кондотти*, в котором когда-то располагалась резиденция мальтийского посла в Риме (в собственности Ордена оставался также дворец на Авентинском холме). С этого момента начинается последний по времени период в истории Ордена св. Иоанна Иерусалимского (продолжающийся по настоящее время).
{* Здание построено в VII в. Джакомо Босио и расположено в аристократическом районе Рима недалеко от Ватикана.}
* * *
Все эти годы Орден не прекращал быть Суверенным. Если бы таковая природа Ордена основывалась только на владении Мальтой, а не его задачами и деятельностью, то она была бы утрачена уже после потери Родоса, а затем и Мальты.
Однако Орден был признан субъектом международного права и сувереном на Конгрессе в Аахене в 1818 г., в Вероне в 1822 г., на переговорах с Грецией в 1823-1828 гг. и с Италией в 1912-1922 гг. В то же время многие европейские государственные деятели, прежде всего Меттерних, папы Григорий XVI и Лев XIII, король Эммануил II, неоднократно пытались вернуть Ордену владения какой-либо территорией как при заключении мира в Амьене в 1802 г., так и на Венском Конгрессе 1815 г. и позже, вплоть до середины XX века.
В 1879 г. Папа Лев XIII восстановил сан Великого Магистра и сопутствующее ему достоинство кардинала. Первым Великим Магистром после длительного перерыва стал Джованни Батиста Чечи а Санта Кроче.
* * *
Последующие годы были годами постепенного возрождения Мальтийского ордена. Располагая основной резиденцией на виа Кондотти в Риме, Орден главную свою деятельность сосредоточил на медицинской и благотворительной деятельности. Открывались знаменитые госпитали Ордена св. Иоанна по всему миру, восстанавливались или вновь организовывались бальяжи и приорства. И хотя в названии Ордена появилось определение "Военный", его деятельность в высшей степени являлось гуманитарной (что нашло отражение и в ныне действующей Конституции Ордена).
Возникают национальные ассоциации рыцарей Мальтийского ордена: в 1859 г. - в Рейне-Вестфалии, в 1857 г. - в Силезии, в 1875 г. - в Англии, в 1877 г. - в Италии, в 1885 г. - в Испании, в 1891 г. - во Франции, в 1899 г. - в Португалии, в 1911 г. - в Нидерландах.
В 1914 г. в Ордене было 4 приорства: Римское (основано в 1214 г., восстановлено в 1816 г.), Богемское (в Чехии, не прекращало своей деятельности с 1182 г.), Венецианское (существовало как две приории с 1180 г., восстановлено в 1839 г.) и Обеих Сицилий, 2 бальяжа, 57 командорств "по справедливости", 45 фамильных командорств и 8 национальных ассоциаций перечисленных выше.
Мальтийский орден и войны XX века
В 1910 г. членами французской ассоциации организован госпиталь для раненных, который был задействован уже во время Триполитанской (итало-ливийской) войны 1912 г., когда принадлежащим Ордену кораблем-госпиталем "Реджина Маргарита" было вывезено около 12.000 человек.
Во время Первой мировой войны для помощи раненным Орденом впервые были использованы передвижные поезда-госпитали. А белый мальтийский крест в качестве медицинской символики был не менее популярен, чем знаменитый "красный крест"*.
{* "Красный крест" (красный крест на белом поле - с точностью до наоборот повторял соответствующие цвета швейцарского флага) - символ "Международного комитета Красного Креста", основанного в Женеве в 1863 г. швейцарским банкиром Генри Дунантом (1828-1910) и получившего за него Нобелевскую премию в 1910 г. Эта организация была призвана оказывать медицинскую помощь и обеспечивать нейтральный статус врачей в воюющих странах христианского мира.}
Было организовано огромное количество и стационарных, и полевых (находящихся в районе боевых действий) госпиталей в Германии, Австрии, Франции. Политическая ситуация после I Мировой войны (поражение Германии и Австрии, аннексия Тироля Италией, и это при том, что Великий Магистр Ордена фон Тун унд Гогенштейн был австрийцем, а в Богемском приорстве действовали Орденские санитарные поезда) поставила вопрос о выяснении суверенного статуса Ордена и об экстерриториальности Мальтийской резиденции в Риме (что признавалось итальянским правительством в документах от 1869 и 1884 г.) и было подтверждено декретом от 1923 г. (подробнее см. Добавление 1).