20 ноября 1811 г. были ликвидированы фамильные командорства. (Сенатский Указ "О родовых имениях фамильных командорств Ордена св. Иоанна Иерусалимского" [156]
.20 января 1817 г. Российский Император контрассигновал резолюцию Совета Министров, в соответствии с которой знаки Мальтийского ордена запрещалось носить, а сам Орден Св. Иоанна Иерусалимского в России объявлялся несуществующим — иоанниты закончили свое пребывание в России.
Мальтийский орден прекратил свое существование в России. Однако утверждение, что Орден ликвидирован Указом Александра I, — неверно. Такого Указа нет — существует Высочайше утвержденное Положение Комитета Министров "О недозволении получающим в нынешнее время Орден св. Иоанна Иерусалимского носить оный". Этот документ датирован 20 января 1817 г. и появился он как разъяснение на рапорт Начальника Главного Штаба генерал-адъютанта графа Комаровского, спрашивавшего о разрешении носить знак этого ордена его адъютанту, корнету Лазареву. Разбирая это дело, следствие пришло к выводу, что "хотя корнет Лазарев и объясняет, что он получил означенный Орден по правилам Российского Приорства, но поелику
Таким образом, своими актами и резолюциями в 1810–1817 гг. Александр I, по сути,
Связи между Орденом и Российским Императорским Домом не прекратились. Так в 1818 г. граф Каподистрия написал Лейтенанту Великого Магистра, что со стороны Александра I Ордену всегда будет оказана протекция. В январе 1827 г. такое же заверение послал граф Нессельроде от имени Николая I. За исключением Александра II все Императоры после Павла I имели звание бальи Большого Креста Ордена.
Как мы помним, Павел I и его сыновья Александр I и Николай I получили эти звания еще от Великого Магистра фон Гомпеша.
Известно, что Император Николай I (1825–1855) на свои собственные средства реставрировал две часовни в старом замке Мальтийского Ордена в Санкт-Петербурге, православной и католической церкви, известных в качестве "Русского Приорства" Ордена св. Иоанна Иерусалимского. Была также издана книга "Рыцарские Ордена", весьма ценимая в свое время. Вышла она в Брюсселе и Лейпциге в 1848 г.
Александр III получил звание бальи Большого Креста 29 декабря 1875 г., когда он был еще Цесаревичем, от Лейтенанта фра Джованни Батиста Чечи а Санта Кроче. В ответном письме Цесаревич писал:
"Господин Барон! Я получил письмо, которое Вы любезно адресовали мне, передав мне Знаки Большого Креста Мальтийского ордена, а также Буллу о моем назначении в звании Бальи этого ордена. На что мой Августейший отец Император дал мне позволение, и я принял их с удовольствием. Цельность Христианского мира была положена в основу создания Мальтийского ордена, что обеспечивает ему все наши симпатии. Пожалуйста, заверьте в этом Совет Ордена и примите изъявление моей благодарности за те чувства, которые Вы выразили от себя лично и от имени Ордена".
В феврале 1881 г. Чечи а Санта Кроче, ставший Великим Магистром, присудил это звание Великим Князьям Сергею и Павлу, в феврале 1891 г. будущему Императору Николаю II и 7 апреля 1896 г. — Императрице Александре Федоровне.
Во время правления Императора Александра III в его любимой резиденции в Гатчине на почетном месте находился большой портрет во весь рост Императора Павла I, написанный Тоном, в облачении Гроссмейстера Ордена, увенчанного мальтийской короной.
Император Николай II получил поздравления по случаю своей коронации от 74-го Великого Магистра Мальтийского ордена фра Джованни Батиста Чечи а Санта Кроче и ответил благодарственным письмом: